工程师应当将相应的证书交予机构进行注册（注册环境影响评价工程师执业资格证书、学历毕业证书、个人简历、身份证复印件、一寸彩色证件照6张、报考证明单位的解聘证明和职业道德证明、未注册证明），注册信息提交之后，机构应于本年度建设部公示期最后期限之日起，15日内将上述资料交还工程师，并且双方签写交接手续。
继续教育： 在签订挂靠协议的时候，一定要明确继续教育所产生的各项费用有哪方承担，而且继续教育有何妨负责。最开始的环评挂靠继续教育都是有机构来负责，所产生的费用也都是机构承担，而且继续在教育的学习签到也都是结构帮助完成的，如果最终因为继续在教育问题导致证书注册期满之后不能再注册，机构是需要承担责任，并且进行赔偿的。
明确职责： 一般的注册环评师挂靠都是大家常说的挂证不挂章的，因此在协议中应该明确说明注册环境影响评价工程师的执业印章、证书、文件及复印件除用于公司企业资质申报及年检外不得用于其他用途，否则由此出现的任何责任均由甲方全部承担。
