虽然你说了不少，但还是不容易理解你说的。简单而言：对方单位分包给你们公司。然后问如下问题。
各地管理不尽相同，这里很难给你准确的答复。即使你把三个区的税务人员叫来，或者还争论不休。
1、从地方财政的角度说，你应该办理外经证，之后到施工点的税务机关申报纳税。从服务纳税人的角度看：你属于自开票纳税人，纳税发生地又在同一个税务局下，应该可以直接开具。
2、这个问题做好事先咨询金牛区和成华区地方税务局，但你已经开具了，我不好给你建议。
3、你的主要问题不成为问题。对外宣称是一回事，实际又是另一回事。分包的发票可以抵减他的税款的，他不会和钱过不去而不承认你们属于分包。
详情您可以拨打12366纳税服务热线咨询。
如果还有不明白之处，可以直接追问。
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劳务分包也是建筑分包的一种。是可以抵减总包的税款的。他们是不是分包，不影响你们的性质。
以上回答都是基于税法的角度回答的，感觉你问的问题不是税务问题。而是如果要求对方还你真实身份。。。
