整编后，一师依托苏中根据地，广泛开展抗日游击战争。41年2月至43年，多次粉碎日伪军的“清剿”，歼敌9600余。44年5～6月，发起车桥战役，歼灭日伪军1000余人，攻克敌据点28处。同年12月，为执行党中央关于向华南敌后发展的方针，粟裕率主力渡江南下，在天目山地区打退了顽军3次大规模的进攻。同时，留在苏中地区的部队先后发起兴化、泰兴、如皋、盐城、高邮等战役，共歼灭日伪军2.3万余人。
二师活动于东起运河、西至淮南铁路、瓦埠湖、北临 淮河、南濒长江的淮南抗日民主根据地。41年4月至43年，先后粉碎日伪军多次“清剿”，共歼灭日伪军1100余，收复了定远县大桥。1944年春转入攻势作战。
第三师师部免兼苏北军区，第八旅和第十旅分别免兼盐阜和淮海军区。1945年10月，第三师所属部队共3.7万余人，分作两个梯队开赴东北。
第四师是抗战时期新四军重建军部后统一编成的7个主力师之一。1941年3月由八路军第四纵队改编而成。师长兼政治委员彭雪枫(后邓子恢任政治委员)，参谋长张震，政治部主任肖望东(吴芝圃代)。下辖第十旅，旅长刘震，政治委员康志强(后金明)；第十一旅，旅长滕海清，政治委员孔石泉；第十二旅，旅长谭友林(饶子健代)，政治委员赖毅；肖县独立旅，旅长钟汉民，政治委员李中道，1941年5月，为精简机关，充实部队。将第十二旅机关撤销，所属第三十四、三十五团直属师部指挥。同年9月，第十旅与第三师第九旅对换建制。1941年11月7日成立淮北军区，第四师师部兼军区机关。1944年9月彭雪枫牺牲，由张爱萍继任师长，韦国清为副师长。1945年10月，第四师第九旅开赴山东编入第二纵队，其余机关、部队留华中。11月，以第十一、十二旅各两个团及淮北路东1个团，合编为华中野战军第九纵队。
五师1941年4月由豫鄂挺进纵队改编。最先也起源于竹沟，李先念率部出发向江汉一带发展而来。师长兼政治委员李先念，参谋长刘少卿，政治部主任任质斌。下辖第十三旅，旅长周志坚。政治委员方正平；第十四旅，旅长罗厚福，政治委员张体学；第十五旅，旅长王海山，政治委员周志刚；第一游击纵队，司令员杨经曲，政治委员张执一；第二游击纵队，司令员兼政治委员黄林。同年9月由鄂东地方武装组成第三游击纵队，司令员兼政治委员何耀榜。11月，第三游击纵队与第十四旅第四十团合编为特务旅，旅长罗厚福，政治委员何耀榜。1942年4月，为适应对敌斗争需要，将第十三旅作为师的机动部队，其余部队均作为地方部队，成立5个军分区。1945年5月，鄂豫皖湘赣军区成立，。1945年10月，李先念率第五师与八路军南下支队，河南军区部队，在桐柏县子合，组成中原军区，归中央军委直接指挥。
六师1941年3月由原江南指挥部所属部队及江南人民抗日救国军等部合编而成。师长兼政治委员谭震林，参谋长罗忠毅。下辖第十六旅，旅长罗忠毅，政治委员廖海涛；第十八旅，旅长江渭清，政治委员温玉成；江南东路保安司令部，司令员何克希，政治委员吴仲超；江南西路保安司令部，司令员韦永义。同年11月1日，中央军委决定，第一、第六两师领导机关对内实行合并，归粟裕指挥。对外仍保留第六师番号。此后，第六师第十八旅划归第一师建制，第十六旅归第一师指挥。1945年1月成立苏浙军区时，第十六旅编为第一纵队，后组成华中野战军第六纵队。
七师1941年1月皖南事变后，根据军委命令，活动于皖江地区安徽省境内长江沿岸的无为游击纵队、新四军第3支队挺进团及皖南事变突围出来的部队编成的第19旅及挺进团，组成新四军第7师。张鼎丞任师长，曾希圣任政治委员，李志高任参谋长，何伟任政治部主任。全师共3000余人。该师在抗日战争中，共歼灭日伪军2万余。主力部队发展到2万余人，组建地方武装7100余人。
