对客户来说，主要有两点不同：第一个主要区别，以三个系统都能支持的转账业务为例，跨行网银系统要求收款方入账后发回执，即付款方能够明确知道这笔资金是否已经入账到收款方账户；大小额都是银行清算或扎差后向付款方发回执，即付款方只能知道银行是否处理了，无法明确知道是否已经入到收款方账户。
第二个主要区别，跨行网银系统对参与者的处理时效有较高的要求，精确到几秒钟，而大小额没有。至于什么样的交易怎么选择，首先是要看这个交易是否是某个系统特有的，如果是就没得选，比如5万以上的转账汇款，比如代收水电费等等。如果这个交易在这几个系统都能支持，一般会根据客户对交易的时效性要求来选择。
因为题目说的是跨行网银和大小额，所以这里所列业务都默认不使用行内系统及部分地区的本地清算系统。
