为了实现环境与资源保护的目标，贯彻执行上述环境与资源保护基本原则，环境资源法律法规从我国的国情出发，吸收各国的经验，规定了各种保护环境和资源的制度，其中最为重要的是下述具有全局意义的基本制度。
（1）环境标准制度
环境标准制度是环境管理的基础性制度。因为要保护和管理环境就必须对环境质量、污染物的排放以及监测方法等作出统一的规定，环境标准就是为防治环境污染、维护生态平衡。保护人身健康，对需要统一的各项技术规范和技术要求作出的量值规定。环境标准制度则是关于环境标准的分类、分级、制定和实施的规定。
根据1999年的《环境标准管理办法》，环境标准分为国家标准、地方标准和国家环境保护总局标准。国家环境标准包括国家环境质量标准、国家污染物排放标准（或控制标准）、国家环境监测方法标准等五类。地方环境标准只有环境质量标准和污染物排放标准（或控制标准）。国家标准在全国范围内执行，地方标准在其颁布的地区执行。
环境质量标准、污染物排放标准和法律、行政法规规定必须执行的其他标准为强制性标准，必须执行。
环境质量标准，是为保护自然环境、人体健康和社会财富，对环境中的有害物质和因素作出的限制性规定。污染物排放标准（或控制标准），是为实现环境质量标准，结合技术经济条件和环境特点，对向环境排放污染物或危害环境的其他因素作出的限制性规定。
在资源管理方面也有各种标准，如草原载畜量标准、渔业方面的可捕捞标准、各种用水节水标准等。
（2）环境监测和报告制度
环境监测是运用化学、物理学、生物学和医学等方法，对环境中污染物的性质、数量、影响范围及其后果等，进行调查和测定的活动。它是环境管理的基础性工作。其主要任务是：对环境中各项要素进行经常性监测，掌握和评价环境质量状况及发展趋势；对各单位排放污染物的情况进行监视性监测；为环境管理工作提供准确、可靠的监测数据和资料。环境监测实行日报、月报、年报和定期编报环境质量报告的制度。国家和省级环保部门每年6月都发布环境状况公报。
此外，在自然资源和生态保护方面也实行监测制度，如水资源监测，水土保持监测，湿地水禽监测，草原生产、生态监测等。
（3）环境资源规划制度
环境资源规划，是国家和地方各级人民政府对一定时期内环境保护和资源合理利用的目标以及实现目标的措施和手段所作的总体安排。环境资源规划制度是关于这种规划的编制、内容、执行等事项的法律规定。制定环境资源规划，将其纳入国家经济社会发展计划之中，并严格执行，是实现环境保护、资源合理利用和经济社会可持续发展的宏观管理措施，具有极重要的意义。环境保护法第四条规定，国家制定的环境保护规划必须纳入国民经济和社会发展计划。国家还发布了《环境保护计划管理办法》。各项自然资源法律也对规划及其编制、审批和实施等作了规定。如土地管理法规定国家编制土地利用总体规划；水法规定国家制定水资源战略规划，开发、利用、节约、保护水资源和防治水害，按照流域、区域统一制定规划，等等。
（4）环境保护目标责任制度和城市环境综合整治定量考核制度
环境保护目标责任制度，是以签订责任书的形式具体落实地方各级人民政府及其有关部门和有污染的单位对环境保护负责的行政管理制度。责任者是地方各级政府的首长、各有关部门领导和企业的法人代表。上级政府确定环境保护目标，通过与下级政府、各有关部门和企业签订责任书，层层分解环境保护责任，明确各方职责、权利和义务，将环境保护任务落到实处。其法律依据是环境保护法关于地方各级政府对其辖区环境质量负责的规定和产生污染的单位应建立环境保护责任制度的规定。近年来在进一步强化这项制区，强调党政一把手负总责，加强考核和奖罚，并把环境质量的好坏作为政绩考核和干部任用的一项重要内容。
另外，我国还实行城市环境综合整治定量考核制度。考核的对象是城市政府，按照具体的指标，对城市环境综合整治状况进行考核，以加强城市环境管理，改善环境质量。
（5）环境影响评价制度
我国环境影响评价法规定：环境影响评价，是指对规划和建设项目实施后可能造成的环境影响进行分析、预测和评估，提出预防或者减轻不良环境影响的对策和措施，进行跟踪监测的方法与制度。这是一项为规划和建设提供决策依据，防止产生不良环境影响的预防性制度。
环境影响评价制度最初由《美国国家环境政策法》规定。我国1979年通过的《中华人民共和国环境保护法（试行）》引进了这项制度，后来的各项环境保护法律都规定了这项制度，2002年10月通过的《中华人民共和国环境影响评价法》进一步发展了这项制度。根据该法规定，我国的环境影响评价制度包括两个方面：一是对规划的环境影响评价，二是对建设项目的环境影响评价。
对法律规定的国家政府有关部门编制的土地利用规划，区域、流域、海域的建设、开发利用规划和关于工业依业、畜牧业、林业艄源、水利、交通、城建、旅游、自然资源开发的专项规划，分别按照法定的要求和程序进行环境影响评价。对建设项目的环境影响评价实行分类管理：可能造成重大环境影响的建设项目，编制环境影响报告书；可能造成轻度影响的，编制环境影响报告表；对环境影响很小的，填报环境影响登记表，并按规定程序审批。《中华人民共和国环境影响评价法》和《建设项目环境保护管理条例》（1998年），对有关事项作了具体规定。
（6）“三同时”制度
“三同时”制度，是指建设项目的环境保护设施必须与主体工程同时设计、同时施工、同时投产使用的制度。这是我国独创的，与建设项目环境影响评价制度相衔接的，预防产生新的环境污染和破坏的重要制度。该制度适用于新建、扩建、改建项目，技术改造项目和一切可能对环境造成污染和破坏的建设项目。《建设项目环境保护管理条例》对这项制度的有关事项作了具体规定。另外，《中华人民共和国水土保持法》规定，建设项目中的水土保持设施，必须与主体工程同时设计、同时施工、同时投产使用；《中华人民共和国水法》规定，新建、扩建、改建建设项目的节水设施，应当与主体工程同时设计、同时施工、同时投产使用。
