安城鸣子受到老师的拜托，来给仁太送暑假作业。顺便也讽刺了无所事事的仁太，两人差点吵起来，最后安城不愉快的走开了，在家中也反思了自己对仁太说的话。
为了可以实现芽间的愿望。仁太和波波在仁太家，谈论以前大家喜欢玩的游戏，为的也是帮芽间，然后二人找到鸣子，没想到鸣子真的有以前的游戏，三人一起玩，帮助面码得到了稀有怪兽。面码很高兴三人像以前一样好。最后鸣子问仁太会不会来学校。
因为鸣子的关系所以仁太准备去上学校（以前从未去过），在路上遇到了安城，安城很高兴仁太来学校，但是因为同学们异样的眼光和话语，最终还是没去，在中途放弃，去了波波那里，晚上大家去了波波那里开始了寻找面码会。 大家一起找芽间，鸣子也去了，而雪集却打消大家积极性并且嘲笑仁太，弄得大家都很尴尬。第二天，鹤见来到仁太家，告诉仁太不要胡闹，但同时拜托仁太去试探雪集的态度，仁太为此被雪集说成丧家犬。晚上大家又齐聚山上，大家带了很多东西，鸣子则带来了蜡烛。并且看见了雪集装扮的芽间！
大家仍然不相信芽间出现在仁太身边，自然也包括鸣子。在城里，鹤见和雪集错过车，并且看见了鸣子。在鸣子遭到骚扰时雪集出面解救，二人在回去的时候谈了许多，关于仁太，芽间等。
仁太来到学校，本已做好会被大家议论的准备，但是却被鸣子抢了“风头”，鸣子被人骚扰的事被学校误会，所以便成为学校的议论对象，这时仁太为她解围，二人一起逃学去了波波那里，鸣子绝定住在波波那里。之后三人去了芽间的家，希望可以知道芽间的愿望，拿到芽间的日记，准备有时间一起看。而芽间知道他们去过本间家之后很生气。 鸣子三人翻开芽间的日记，再次回想起仁太的妈妈，并且把放火箭花火作为芽间的愿望。仁太以去学校的理由来到山上同大家商量做火箭花火的事，知道很花钱之后仁太决定打工。大家的关系渐渐发生变化。芽间发现了仁太打工的秘密，自己很是感动。
火箭花火的事被芽间的妈妈阻止，除了波波大家都不想和仁太胡闹了，因为大家不相信芽间的存在。此时鸣子也道出自己喜欢仁太的事实。仁太回到家后感概万分，不由得哭了出来，此时芽间不断回忆出自己真正的愿望。芽间看到这么努力的仁太，就用仁太家的电话给大家打电话，当然，大家是听不见的，也就被大家说成是无声电话，也认为是仁太在胡闹。但芽间用日记本写出了自己想说的话，让大家相信了她的存在。
在仁太家，芽间做蒸面包给大家吃，仁太则帮大家传递面码的话语，因听从鹤见知利子给自己做蒸糕的建议，成功做出近似仁太母亲做的葡萄干蒸糕（蒸面包）邀请大家品尝，不光是仁太，大家也决心要实现芽间的愿望，让芽间成佛。终于可以做火箭花火了，大家很努力。但都各怀心事。 每个人之间的关系巧妙的在变化。大家各怀自己的私心等待着实现芽间愿望的那一天。在放火箭花火的前一天，大家齐聚在秘密基地，芽间说出自己的心里话，大家各自感概不同。鸣子在雪集的怂恿下开始展现小时候那一天的所有，而这一次仁太承认自己喜欢芽间。芽间也终于想起来自己的愿望（其实早已实现）所以芽间正处于慢慢的透明的消失中。本以为放了火箭花火面码就可以消失，但却没有。
大家知道芽间没有消失，在瞒着芽间的情况下聚集在一起，每个人都说出了自己的私心，大家感觉很对不起芽间，所以决定和芽间一起，向面码道歉。但芽间的时间到了，鸣子也拦不住跑出去的仁太，芽间用日记本的纸向大家道别，鹤子：我最喜欢善良的鹤子。雪集：我最喜欢努力的雪集。安鸣：我最喜欢有主见的安鸣。波波：我最喜欢有趣的波波仁太：我最喜欢仁太 （仁太的这个最喜欢是想成为仁太的新娘子的那个喜欢）最后大家都看见了芽间，芽间微笑着消失了芽间实现了自己的愿望。 之后的剧场版中提到在这以后每年的夏天，超和平Busters的剩下几个成员都会在秘密基地聚面、举行活动，追忆那个如花朵一般的本间芽衣子。在故事的最后，与超和平Busters的成员一起实现了芽间的愿望。此后再次开始上学。但时时想念着面码
