国防部保密局是于一九四六年六、七月间由军统局的秘密核心组织扩编而成的。先后由郑介民、毛人凤任局长。局本部设有三个处，一个秘书室，一个督导室，一个设计委员会和特种政治问题研究所。在省一般设站，县、镇一般设组。外勤称通讯员，内勤称组员。其站、组都是秘密设冠的，但又常常打出一块公开或牛公开的招牌作掩护。如东南特区对外称情报搜集所；南京站对外称时事通讯社；东北特别组’对外称长白通讯社；工运组对外称公正通讯社；侦奸组对外称公论通讯站。在“公开掩护秘密，秘密控制公开”的反革命策略下，保密局还在中国国民党、政、军、警、宪以及其它公开单位设有公组，收集各方面情报，控制国民政府内部人员动向。
保密局成立后，继承了军统局的人员与管理方式，一向以特种手段破坏中共地下组织，是国民政府各情报系统中基础最大、活动范围最广的一个情报组织。
国民政府败退台湾后，于一九五四年十月把保密局改为国防部情报局。
