1、办公室（挂政策法规处牌子）
负责局机关日常政务和后勤工作。起草审核有关文件和报告；负责秘书事物、政务信息、机要、保密、信访、保卫、文书档案管理、会议筹备；制定机关内部规章制度，管理机关财务。负责地方性税收政策法规和规章的调研、草拟工作；承办重大税收案件的审理和行政处罚工作；办理税务行政诉讼和行政复议。
2、计划财务处
负责管理全省地税系统的经费、财务、装备、固定资产、基本建设和税收完税票证；拟定税收计划、考核税收收入；负责会计报表、统计信息数据、税收运行情况的综合分析；监督地税系统财务制度执行情况；负责地税系统的内部审计。
3、征收管理一处
指导全省地税系统征管改革、征收管理工作，建立和完善各项征管制度，规范征管体系；指导税务登记、纳税申报、税款征收、纳税检查、行政处罚工作；管理税收发票；负责税法宣传和税务咨询工作。
4、征收管理二处
承担契税、耕地占用税、排污费、工会经费和残疾人保障金的征管职能。
5、税政管理一处
负责营业税、资源税、土地使用税、投资方向调节税、城市维护建设税、土地增值税、印花税、房产税、教育费附加、文化建设事业费、涉外税等税收政策法规的贯彻执行及执行中有关政策问题的解释和处理；负责办理有关税收减免中的具体事项。
6、税政管理二处
负责国有企业所得税、集体企业所得税、股份制企业所得税、个人所得税、车船使用税有关政策法规的贯彻执行以及执行中有关政策问题的解释和处理；负责办理有关税收减免中的具体事项。
7、人事教育处
制定地税系统人事管理制度；管理地税系统人事、劳动、机构编制工作；负责系统领导班子建设、干部思想政治工作及精神文明建设工作；负责州、地、市地税局正、副局长及相应级别干部的管理工作；负责地税系统干部队伍的教育培训工作。
8、社保费征收管理处
负责养老保险、失业保险费的征收管理工作；制定具体的征收管理办法；研究起草有关法规草案；对有关法规在执行中的一般性问题进行解释、处理；指导两费登记、申报工作和相关资料的管理；管理社保费发票和票证；负责两费的宣传；组织实施对有关法规、政策执行情况的监督检查等。
9、机关党委
负责局机关和直属单位的党群工作。
10、纪检（监察）机构
置纪检组、监察处合署办公，负责纪检和行政监察工作。
11、信息管理中心
拟定全省地税系统信息建设规划；组织协调开展全省地税系统信息化建设工作；负责全省地税系统信息管理工作。
直属机构:
1、稽查局
拟定全省地方税务稽查工作制度、办法并组织实施；负责全省地方税收专项检查和专案检查；办理重大税收案件的立案、调查并提出审理意见；指导、监督、协调地税系统稽查工作。
2、直属分局
负责对青藏铁路兰青复线工程、国道及省道公路工程、省级跨地区重点工程及省政府确定的省级税收收入专项工程的涉税事项的征收管理。
下辖机构：
西宁、海东、海西、海南、海北、黄南、玉树、果洛等8个州、地、市地方税务局；
派出机构：
东川工业园区地方税务分局；
生物科技产业园区地方税务分局；
甘河工业园区地方税务分局；
青海湖景区地方税务分局。
