PPR水管的主要缺陷是：
耐高温性，耐压性稍差些，长期工作温度不能超过70℃；每段长度有限，且不能弯曲施工，如果管道铺设距离长或者转角处多，在施工中就要用到大量接头；管材便宜但配件价格相对较高。不过，从综合性能上来讲，PPR管是目前性价比较高的管材，所以成为家装水管改造的首选材料。
相对于其它几种管：
镀锌铁管由于存在众多缺点，建设部已于2000年明文禁用了；
铝塑管虽然耐高温性能良好，施工方便但用作热水管使用时，由于长期的热胀冷缩会造成管壁错位以致造成渗漏；
铜管耐用、环保，但由于价格高、施工要求高而未被广泛采用。
PPR塑料水管使用一段时间后，管内壁二次污染严重，是细菌、军团菌的滋长地，成为新的人类健康杀手和潜在的生命威胁，不宜做家庭自来水管。
在2002年PPR塑料管开始在中国家庭推广做自来水管时，北京市疾病预防控制中心一份未公开的检验报告显示：家用PPR自来水管流出水质的细菌总数不计其数，并检出嗜肺军团菌1型、5型，数量之多令人震惊，超过已禁止使用的镀锌管。有关部门对水质的化验结果是：多达28种细菌和16种金属元素，其中铁、锰、锌、铅、汞超标严重。
PPR水管藏垢纳污，是细菌大量繁殖的温床。管道行业内部对PPR自来水管在使用一段时间后的管内壁污垢取样，检测结果是：一种黄色锈瘤，内含杆菌、球菌、细状菌等微生物，大量的铁细菌、埃希尔大肠杆菌、肠道细菌、栖居菌、不动杆菌属、气单胞菌属、节杆菌属、芽孢杆菌属等多达31种和恶臭假单胞菌属至少14种生物型，甚至发现耐氯微生物的滋生如直链菌属、脆杆菌属、丽管螺属和小球藻属等。
管内壁污垢中异养菌、大肠杆菌、放射菌和真菌浓度极高。同济大学、清华大学、上海净水协会、国际铜业协会(中国）、中科院武汉病毒研究院等均有论述 PPR塑料管本身无毒合乎卫生要求，但PPR塑料管没有自洁功能和灭杀细菌功能，在家庭用水这种特定环境下，水源的污染、自来水厂的落后工艺及其管网的陈旧不合理，使家用的PPR自来水管成为水质二次污染物的聚集地和细菌滋长地，严重威胁人体健康，一份近年来的中国部分城市市民健康报告揭示：各种疾病和癌症的大量增加与家用自来水水质有关，与错误选择水管材料有关。
所以专家建议：
1）对水管进行更换：PPR水管使用越久“毒”性越大，或对旧管定期冲洗和消毒。
2）在旧管管路中安装前置过滤器和橱房净水机
3）新装修家用水管客户可以学习欧美国家，家庭安装塑覆铜管（价格略高）或内衬铜PPR管（价格适中）。因为紫铜具有极其优秀的灭菌功能和自洁功能，最适合家庭使用
