恭喜你了，同学。我是学通信工程的，五系，我记得航院自动化是四系吧，我正好认识一个已毕业的四系师姐，她在IBM工作。
要说实力的话，我建议你不要追求所谓名声名气之类的，这是外加因素。拿通信工程来说，以前通信也隶属航院，这几年分了出来。08年哈工大通信工程曾排全国第一，现在却已经降了下来，不是因为实力减弱了，而是因为全国排名标准变化了，我们的通信是具有军用特色的，这是特色所致，导致会和全国排名有些标准不吻合，但是通信专业本身具有足够实力，当年我们一个专业从航院分出来的时候，几乎带走了航院一半的师资力量。近几年随着“国家标准”对哈工大通信工程的评分降低，或多或少影响了我们的名声，但是实力这个东西在这里摆着，在工大随便找人问问，都知道通信要的分数最高（不同省市可能有不同版本，反正我们省和我听说过的大多数省是这样）。通信工程系的实验研究、项目运作大多放在了研究生阶段，本科生阶段可能苦一点。不过我们五系（也就是通信）保研考研名额很宽松，只要好好学，将来读研没有什么问题。
四系也是一个很好的专业了，不过要说工大航天的王牌专业，我觉得还应该是飞行器设计。我那个师姐说，四系研究实力是超强的，航天学院在国家那里总体认可度要比电信学院高，但是具体到专业，应该还是四系略输五系，因为据我所知，五系的实验室资源和导师都是数一数二的。
然后再说就业的话，这一方面五系绝对优于四系，通信工程之所以要分高，就是因为就业强大，每年的本科生研究生都有很多机会，因为在通信业内，工大口碑还是非常好的，绝对不等同于国家的荒唐排名。而且通信就业广泛，尤其咱们学校，军工、非军工企业都可，也可以选择进入研究所（研究机构要是好的话，赚钱也相当恐怖）。在这方面，自动化有点吃亏。自动化这个专业本身在外国不算一个专业，因为学的东西非常散，而且就业主要面向军工航天，渠道偏窄。不过你要是把散东西都学会，也算拓展了就业渠道。像我那个师姐，选择IBM其实有可能是跨行业就业了，不过干得也非常棒。
总之，我觉得你别听什么传统名声，工大里传统强的多去了，什么机械、电气、能源、航天，都是传统强势，甚至连土木都说自己才是最好的，所以这个东西没有什么标准。以发展眼光来看，新兴的电信学院短短几年确实已经走在前列了，而且要说是最前列也不夸张，至少工大人都承认电信学院的地位，它的研究水平和成绩，绝不会让报考的人们失望。
（我说了这么多，当然也得看个人喜好，有些人喜好不同，那么选择就可以撇开这些，如果纯为了前途，两个专业其实都不错，就业其实主要看自己，但我看来，在就业上的客观环境上，通信还是要好于自动化）
