这是涉及营业税的一个比较典型的问题，希望我的回答能够有所帮助。
一、《营业税暂行条例》 第五条 “纳税人的营业额为纳税人提供应税劳务、转让无形资产或者销售不动产收取的全部价款和价外费用。但是，下列情形除外：（三）纳税人将建筑工程分包给其他单位的，以其取得的全部价款和价外费用扣除其支付给其他单位的分包款后的余额为营业额”。这是你可以“抵扣了我司的工程款税金，实际缴纳税金就少了”的理论依据。注意实践中，如何让税务机关同意劳务分包使用3%的营业税率，需要仔细斟酌和良好沟通。
二、你的分录“借：工程施工 贷：银行存款”，显示这部分劳务收入你已经确认为工程成本，没有作为收入的扣除，也就是没有“扣除其支付给其他单位的分包款后的余额为营业额”。当然施工单位因为收入、产值、业绩的需要，通常这样操作，以合同标的全额作为收入。
三、“然后拿这档念基发票去抵扣了我司的工程款税金，实际缴纳税金就少了”，显然你不再因为给建设方开具发票而重复缴纳分包工程的税金。
四、问题的实质在于，你会因为全额收入计提营业税金及附加，而自行缴纳与劳务单位缴纳税金的合计数才行谨能与计提数一致。
五、最准确的做法是：该劳务单位的工程款不确认为成本，也不确认为相应的收入，仅高李仅通过代付款核算，那么你账面的收入会与税金保持完全一致。
六、同步全额确认为收入，劳务单位的工程款确认为成本，营业税金及附加按照差额部分计提，有违配比原则，财税理论界正在研究，未见实际成功操作。
七、全额确认收入，配比计提营业税金及附加。结转时，会计分录借：应交税金（ 其他应交款 ） 贷：应付账款，摘要为某单位某月份税金，模糊处置。
