浦东图书馆新馆地上六层，由下至上每两层形成一个功能区，共三段，每段约10米高。一层和二层以公共服务与学术交流空间为主，设有公共服务大厅、展览厅，大型演讲厅，中型和小型学术报告厅以及不同规格的读者活动（会议）室、培训教室，还有相对独立的少儿图书馆。
三层和四层以普通文献借阅区为主，以大台阶、坡道、书架壁组成跨越三、四层的独特的“书山”空间。
五层和六层为专题阅览部以及办公空间。五层设有金融、航运、政策法规、城市治理、教育信息服务、生活时尚、艺术、浦东文献、国际博览、参考文献等专题阅览部。六层整体悬吊犹如“浮云”，安排了音像阅览部和数字化阅览部，以及内部办公区域。
新馆地下一层为停车场和设备机房。地下夹层以坡道直通室外，夹层顶高于室外地坪，获得明亮通透的地上层效果，设有餐厅、视障者服务中心、文献储存库和珍善本书库等。
