苹果亚科
灌木或乔木，单叶或复叶，常有托叶；心皮1～2或2～5,多数与杯状花托内壁连合;子房下位、半下位，极稀上位，1～2或2～5室，各具2稀1至多数直立的胚珠；果实成熟时为肉质的梨果或浆果状，稀小核果状。染色体基数=17。本亚科中国有16属：牛筋条属、栒子属、大棘属、山楂属、小石积属、红果树属、石楠属、枇杷属、石斑木属、花楸属、榅桲属、木瓜属、梨属、苹果属、唐棣属等。
李亚科
乔木或灌木，单叶，有托叶；心皮1，极稀2～5，子房上位，1室内含2悬垂胚珠；果实为核果，成熟时肉质，多不裂开或极稀裂开，染色体基数=8。本亚科中国有9属 ：扁核木属、臀果木属、臭樱属（假稠李属）、李属、桃属、杏属、樱桃属、稠李属 密花金丝桃
等。 以上4个亚科排列的次序，不同学者有不同的排法。大多数植物学家认为绣线菊亚科的风箱果在本科中最为原始，因而排在首位，但也有人把蔷薇亚科放在首位，认为该亚科的雌蕊、雄蕊多数离生，近似多心皮的木兰目的原始性状。有人甚至把李亚科放在首位，因其具有单心皮，子房上位，形成核果。
