一、指代不同
1、山西医科大学汾阳学院：学院位于山西省汾阳市是一所由山西省教育厅主管，具有独立法人资格、副厅级建制的院校，是山西医科大学的二级学院。
2、山西医科大学：位于山西省省会太原市，是一所以医学为主，多学科协调发展的医科大学，拥有本科与研究生医学高等教育为主的多层次人才培养体系
二、专业设置不同
1、山西医科大学汾阳学院：专业设置上以医学专业为主，医学相关专业为辅，各专业相互渗透、协调发展；办学层次上以本科教育为主，本科、专科、研究生教育协调发展。
2、山西医科大学：开设有临床医学（五年制、“5+3”一体化）、预防医学、法医学、口腔医学、儿科学、医学影像学、麻醉学、护理学、精神医学、劳动与社会保障、英语（医学方向）等26个本科专业，涉及医学、工学、管理学、法学、文学、教育学六个学科门类。
三、师资不同
1、山西医科大学汾阳学院：学院占地面积500余亩，建筑面积14.68万平方米，在校生9000余人。
2、山西医科大学：学校有三个校区，占地1422亩，建筑面积55万平方米。有教师1600余人，研究生导师1300余人。学校生源来自全国各省、市、自治区，有全日制在校生19200余人，其中普通本科生15300余人，硕士研究生3600余人，博士研究生280余人，国际学生70余人。
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