一、分类不同
1、超抗原：超抗原按照活化细胞的不同，可分为T细胞超抗原和B细胞超抗原，又按照其来源不同分别将T、B细胞超抗原分为内源性超（病毒型）抗原和外源性（细菌型）超抗原。
2、普通抗原：根据抗原性质分为两类：完全抗原和不完全抗原。
二、特点不同
1、超抗原：不需要常规的细胞内抗原提呈，无MHC限制性。
2、普通抗原：抗原在化学结构上与机体自身不同，具有异物性。
三、结合不同
1、超抗原：超抗原一端与APC表面的MHC-Ⅱ类分子抗原结合槽外的非多态区结合，一端与TCR的Vβ外侧区结合，通过这两种结合，活化T细胞。
2、普通抗原：外来分子可经过B细胞上免疫球蛋白的辨识或经抗原呈现细胞的处理并与主要组织相容性复合体结合成复合物再活化T细胞，引发连续的免疫反应。
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