我国垃圾分类回收的主要问题表现在以下几个方面。
一是垃圾回收设施分类过于简单，给人们分类扔垃圾带来不方便。现在街道上随处可见垃圾桶，大多分为两类：可回收物和不可回收物；也有的划分为三类：可回收物、有害垃圾以及其他垃圾。不管是怎样的分类，普遍存在着除了图案基本按照国标执行外，在颜色上可以说是五花八门的问题。而如今随着城市化的加剧，垃圾成分趋于复杂，可回收的垃圾种类也趋于复杂。一般而言，城市垃圾中可回收物主要有：废纸、玻璃、塑料、金属、织物等。如果分类过于简单，垃圾桶上仅有一个可回收的标识，很难引导人们去完全分清垃圾可回收的种类，会给人们对垃圾的分类带来麻烦。
二是居民垃圾分类知识比较缺乏，也是制约垃圾分类回收的重要因素之一。垃圾分类投放需要两方面的因素配合，一方面需要有完善而细致的垃圾回收设施，另一方面需要居民有全面的分类知识，这样才能做到一一对应，真正实现垃圾完全分类回收。很多人只知道一些简单的可回收的垃圾，比如易拉罐、矿泉水瓶等，但是还有很多垃圾应该归于哪一类并不知道，这样便会形成有意识和无意识地乱丢，使分类形同虚设。这样带来的结果就是没有真正做到分类扔垃圾。有调查数据表明：由于没有找到这样的垃圾分类箱，无法分类投放的比例占76.28%，由此可以看出居民的垃圾分类知识是相当不全面的，这是影响垃圾分类投放效果不好的主要因素。
三是生活垃圾分类政策法规不健全，导致垃圾分类投放行为不具很强的约束力。政策法规上的约束力是和居民个人意识联系在一起的。如果将合理的垃圾分类投放制度写进国家的政策法律法规里，将会使垃圾投放制度具有强大的约束力，个人分类投放的意识也会增强。国内居民的分类投放意识差，不仅仅是道德上的问题，更重要的是法律法规等制度上的问题。目前，国家先后颁布了《固体废物污染环境防治法》、《城市市容和环境卫生管理条例》等法规条例，但是大部分涉及生活垃圾管理的规定偏重于垃圾的清扫、收集、运输、处置及相关管理方面，而极少涉及垃圾的分类回收。国家也颁布了《城市生活垃圾处理及污染防治技术政策》、《生活垃圾处理技术指南》，两者都是从垃圾处理方式角度考虑的，用于给地方各级市政、环保部门的工作提供技术指导，但没有上升到法规上的层次，不能给予垃圾分类行为以法律约束。由此可见，国内生活垃圾分类收集的立法工作尚不完善，没有相关法律条文明确规定公民具体相关责任和义务。所以，居民在投放垃圾的时候就会缺乏约束力，而仅仅靠个人意识和道德水平，这样无法保证完全做到对垃圾分类回收。
四是垃圾回收处理还没能实现全面产业化，无法推动整个垃圾分类回收的发展。从垃圾投放到垃圾输送、分类，再到垃圾资源化输出，只有形成一个产业链，才能大大提高垃圾分类回收程度。垃圾处理不能永远作为一种公益性事业，只有政企分开，将垃圾处理形成一种产业化链条才能得到长远的发展。目前，只有城市环卫部门在管理垃圾，他们主要负责将垃圾从社区运送到垃圾处理站。在此过程中，并没有注重垃圾的资源化，垃圾分类回收的程度并不高。另外，现在一些中小城市存在很多靠捡垃圾或收购废品为生的人群，在某种程度上为垃圾资源化作出了贡献。但是，这些只是分散在各个角落，没有形成一个体系，其贡献能力有限。
五是管理体制不能满足目前垃圾分类回收的要求。我国现行的城市生活垃圾管理体制，是从20世纪80年代逐渐形成的，垃圾分类回收是在政府主导下由环卫部门主导的事业单位负责。这种体制缺少群众的参与，很难实现大范围的统一行动，也制约了垃圾产业的市场化和产业化发展。
