康熙平三藩
康熙除了鳌拜集团，开始乾纲独断，自主地治理国家。为时不久，便爆发了以吴三桂为首的大规模武装叛乱，刚刚安定下来的中国，再次陷入内战的深渊。这一事变，远比同鳌拜集团的斗争严重得多。它对于才迈入青年时期的康熙帝无疑是一次命运攸关的考验。
还在顺治初年，汉官名将吴三桂以平西王镇云、贵，尚可喜以平南王治广东，耿精忠以靖南王辖福建，当时，并称“三藩”。此三藩之设，并非任何个人的主观愿望和要求，而是当时军事与政治斗争所需要。东南沿海及两广、云贵，是当时抗清斗争的主要活动地区，情况历来错综复杂。清政府意识到，惟有以吴三桂等威名素著的军事将领镇抚这些地区，才能长治久安。因此当他们中有的欲引退北归时，顺治帝一再挽留。如定南王孔有德要求解职，“优游绿野”，顺治以“南疆未尽宁溢”，不准辞。后在桂林围城战中，城破，孔有德举火自焚死。尚可喜于顺治十年、十二年两度申请北归，顺治帝也以广东“初定，地方多事”挽留，要他“悉力料理，以奠岩疆”。仅此两例，足以说明，顺治帝一意依赖汉军守边，实则是皇太极实行的“以汉攻汉”的政策的具体体现。
顺治时建藩的目的，原是使其“世守边圉，以为藩镇”，藉以“屏藩王室”。但实际情况正好与清政府的愿望相反。三藩势力的不断增长，不仅不能护卫王室，却形成了一股与它抗衡的强大力量。首先，三藩兵权在握，各拥兵自重。耿精忠、尚可喜各有兵员十五佐领、绿旗兵六、七千，丁口二万人。合兵力万余人，此系嫡系部队，“而旗下所言养甚众”，其数更超过额兵。三藩中，以吴三桂的兵力最强，他有五十三佐领，合甲士万余人，另有绿旗兵一万二千人，丁口数万。除此，还有收降的农民军将士一万二千余人，分置十营，各以一名总兵统辖。至顺治十七年（1660），吴三桂拥有七万人的强大武装力量。三藩掌握南方数省兵权，自拥重兵，这在事实上已形成了与中央政权相对立的军事割据状态。
建藩之初，顺治帝为鼓励他们忠心任事，辅弼皇室，不惜赐与政治上种种特权，他们以此不断扩充各自的实力。福建“鱼盐之利为天下最”，耿精忠“横征盐课”，又利用海运之便，同荷兰及东南亚各地走私贸易，毫无顾忌。尚可喜在广州私设征收苛捐杂税的“总店”，从日常菜蔬、鸡豚，到铜、铁等矿植物无不抽税，每年私收白银不下十余万两，总之，一切“利归王府”。人们不禁感叹：“藩府之富几甲天下”！尚、耿两藩的势力虽迅速发展，但与吴三桂无法比拟。三桂享有比他们更多的特权。顺治十六年，皇帝命他总管云南军民一切事宜，特谕吏、兵两部：凡云南文武官员举黜，皆听三桂裁定。康熙元年，索尼四辅臣又命三桂兼辖贵州，应允三桂所请，“贵州一切文武官员兵民事务，俱照云南例，著平西王管理”。于是，云、贵两省真正成了吴三桂的独立王国，“所辖将吏，选用自擅”，各省员缺，也以其部属推选除授，谓之“西选”，“西选之官遍天下”。不仅如此，他以各种手段聚敛财富，征收重税，垄断盐、铜之利，经营名贵药材的采买售卖，牟取暴利。三桂把大量的金钱一方面用于“收召人才，树立党羽”；一方面放高利贷给富商，称为“藩本”。三桂的实力比耿、尚两藩更为雄厚。
三藩的存在，已成为国家经济上的巨大负担。他们在其藩镇所得，都窃为已有，还从朝廷索取大量饷额和经费，用于养兵和行政开支。以顺治十七年为例，云南一省岁需俸饷九百余万两，加上福建、广东两省的饷银，共需二千余万两。而本年度全国军饷也不过一千七百余万两。康熙五年，左都御史王熙指出：“直省钱粮，半为云、贵、湖广兵饷所耗。就云贵言，藩下官兵岁需俸饷三百余万，本省赋税不足供什一，势难经久。”因此，“天下财赋，半耗于三藩”，实非虚语。三藩需求之巨，不仅使各省为难，也使负责此项差使的户部疲于应付，整个财政为此时常陷入措手不及的困难境地。
在康熙帝即位之初，三藩已成割据之势。索尼四辅臣执政时期，对三藩采取笼络、包容之策，希图利用他们的力量对付南明、农民军余部，及土司的叛服无常和海上郑氏的抗清力量，因而听任三藩所为，更助长其势力的急速膨胀。三藩横行南疆，影响及于全国，这不能不与日益加强的中央集权和国家的统一产生尖锐的矛盾。
康熙帝亲政后，就“以三藩及河务、漕运为三大事，夙夜廑念，曾书之宫中柱上”。他以敏锐的目光已看出“三藩势焰日炽”，已构成国家的心腹之患，把它列为自己亲政所必须解决的三件大事的第一件大事，时刻思虑裁撤的时机与办法。
康熙帝早有撤藩之意，但又虑及“三藩俱握兵柄”，不敢贸然采取行动。康熙十二年（1673）三月，已洞悉朝廷意图的尚可喜首先提出撤藩，要求“归老辽东”。这就给康熙帝提供了解决三藩问题的一个难得良机。康熙帝趁势顺水推舟，立即批准，对他这一主动行动给予高度评价。三桂与精忠得此消息，心不自安。吴三桂之子吴应熊在京师“希探上意，驰书于桂，令亦如尚、耿之请，从中画谋，弥缝可独留”。吴三桂依计而行，于同年七月也向朝廷请求撤藩，与此同时，精忠也提出同样的请求。康熙帝当机立断，一概批准。但对吴三桂是否也撤却产生了不同意见。除户部尚书米思翰、兵部尚书明珠等南，捣三桂巢，皆赖其力。还有“蔡毓荣、徐治都、万正色奋于楚，杨捷、施琅、姚启圣、吴兴祚斗于闽，李之芳奋于浙，傅宏烈奋于粤，群策群力，敌忾同仇”。他们为平叛发挥了重大作用。
自内战爆发以来，每天上奏的军报不下三、四百疏，康熙帝“手批口谕，发指示，洞的中窾”。政策和策略正确，从根本上保证了平叛的胜利进行。到康熙十五年底，“东西两巨寇（指耿与王辅臣）既降，乃得以全力办三桂”。清军逐渐转入战略反攻。在湖南战场，吴三桂军虽然还占据岳州、长沙等要镇，但吴三桂的日子越来越不好过。在他的统治区内，经济状况恶化，民穷财尽，军饷告乏，军心动摇，大批将吏投向清军。吴三桂己失耿、尚两藩之援，处境更加孤立。吴三桂“兵兴六年，地日蹙，援日寡，思窃号自娱”。于康熙十七年三月在衡州称帝，国号大周。八月，七十四岁的吴三桂得病暴亡。其孙吴世璠即位，改元洪化。他见势不妙，弃衡州，退居贵阳。这时，清军已进入湖南，在圣祖决策和严令下，清军已将长沙之敌包围，并从水陆两路攻取岳州。康熙帝指出：“歼灭吴逆，荡平诸寇，在此一举。”他特别强调：“今日之事，岳州最要，不可不速行攻取。”他甚至以御驾亲征相激励。康熙十八年正月，向岳州发起猛攻，“水陆围困，断其粮道”，迫使吴军弃城逃走。岳州一破，常德、长沙、衡州等相继而下。在清军的猛攻后，吴军全线崩溃，湖南、四川、贵州、广西都被清军收复。康熙帝遣三路大军，分别自湖南、四川、广西向云南进军。至康熙二十年十一月，三路大军终于打破昆明城，吴世璠服毒自杀，其党羽或死或被俘，一网打尽。这场历时八年的内战，以吴三桂的覆灭而告终。
平定吴三桂叛乱，废除“三藩”，使整个大陆重新获得了统一。康熙帝又乘“平吴”之余烈，抓住时机，着手解决长期悬而未决的台湾问题，他采取既抚且剿的方针，于平吴三桂二年后，即康熙二十二年（1683）八月，准予郑氏政权投降，从来就是中国领土的台湾，自此正式并入清朝版图。次年，康熙帝同意在台湾设一府三县，隶福建省，并派兵驻防。
