一、具体内容不同
一般预算收入包括工商税收，关税，债务收入，基本建设贷款归还收入，其它收入，包括事业收入、外事服务收入、中外合资企业其它收入等。
基金预算收入划分为8类：即工业交通部门基金收入、商贸部门基金收入、文教部门基金收入、农业部门基金收入、土地有偿使用收入、其他财政税费附加收入、基金预算调拨。
二、缴纳方式不同
一般预算包括就地缴库，集中缴库以及自缴自汇。国库收到预算收入后，按照财政管理体制规定的预算级次和收入划分，将入库款项分别划解入各级国库
基金预算收入的中央基金收入由财政部各地专员办事机构就地监缴入库或由中央主管部门集中收缴入库，地方基金预算收入由地方部门收缴入库。中央与地方共享基金收入由地方收缴后按基金所属的预算级次分别解缴入库。
三、财务处理方法不同
一般预算收入该科目按“国家预算收支科目”中的一般预算收入科目设置明细账，年终结账时将该账户贷方净发生额如数转入“预算结余”科目
基金预算收入是先收后支。财政总预算会计应当在已有基金预算收入数额的范围内办理基金预算支出。基金预算收入与基金预算支出应当做到自求平衡。
四、收取的规定不同
一般预算财政收入是通过一定的形式和程序，由各级财政部门组织并纳入预算管理的各项收入。基金预算收入是按规定收取，转入或通过当年财政安排，由财政管理并具有指定用途的政府性基金预算收入等。一般预算财政支出是各级财政部门对集中的一般预算收入有计划地分配和使用而安排的支出。
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