微软认证系统工程师 （英语：Microsoft Certified Systems Engineer，简称：MCSE）是微软认证中的高级认证之一，代表持有认证的专业人员，对微软的服务器，网络技术，系统管理的建置，管理，部署以及维护等工作具有相当的经验与知识，适合网络工程师，系统管理员，系统工程师或网络管理师等职务，在早期与 MCSD 并行微软的两大高级认证，最早的版本是 Windows NT 3.51，接着在每个 Windows Server 的版本更新，就会更新 MCSE 的认证要求，早期的 MCSE 都要考一科网络知识的必考科目 Exam 70-058: Networking Essentials，一直到 Windows 2000 才纳入 Server 的考试中。
MCSE 的考试科目分为核心考科和选考科目两种，核心考科通常会包含网络知识，服务器管理，企业级服务器与网络管理，客户端操作系统等考试，考科数大约 4-6 科，由于科目很多，对于考生准备与应考上会有相当压力，不过以系统管理与系统工程的角度，以及微软产品的涵盖度来看，考如此多科确有必要。在 MCSE on Windows 2000 开始，由于对 MCSE 的资格认可加上了设计的要求，因此在 Windows 2000 考试中首次出现设计网络架构的考试科目。
