在产生形式、毒性作用和抗原性三方面有所区别。
1、产生形式不同：
外毒素指的是在细菌在生活过程中菌体内产生并分泌到菌体外的毒素，大多为蛋白质，易提取，不耐热。
内毒素指的是某些革兰氏阴性菌在生活过程中产生，以脂多糖的形式存在于细胞壁上，菌体裂解后释放，不易提取，耐热。
2、毒性作用不同：
外毒素强，对组织器官有选择性毒害效应，引起特殊临床表现
内毒素较弱，各菌的毒性效应大致相同，引起发热、白细胞增多、微循环障碍、休克、DIC医`学教育网搜集整理等
3、抗原性不同：
外毒素强，刺激机体产生抗毒素；甲醛液处理脱毒形成类毒素；
内毒素弱，刺激机体产生的中和抗体作用弱；甲醛液处理不形成类毒素。
参考资料来源：百度百科——细菌毒素
