档案和户口不在一起没有弊端。因为档案与工作和组织有关系，户口直接与社保医保有关。个人档案和户口没有规定要放在一起，档案放在哪主要看工作情况来决定。当然，档案如果能放在单位或单位所在地是最好。
户口和工作关系不在一个地方的直接弊端是有很多受地方保护的优惠政策会享受不到，比如购房，子女上学，失业就业补贴，创业优惠，甚至购车，未知的险、税等等都会和户口直接关系。
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档案和户口不在一起的原因：
1、档案的形成者。档案是由官方机构、半官方机构、非官方机构以及一定的个人、家庭和家族形成的。
2、档案来源于文件。档案是由文件有条件地转化而来的，这里的“文件”是指广义文件，即一切由文字、图表、声像等形式形成的各种材料。档案和文件是同一事物在不同价值阶段的不同形态，两者具有同源性和阶段性的共性，也具有实效、功用、离合等个性差异。
从文件到档案是一个批判继承的辩证运动过程。从信息的内容和形式来说，两者完全相同的，但从时效、价值和系统性上来说，档案是对文件的不断扬弃。首先是时效性批判，档案是已经办理完毕的文件；其次是价值评判，档案是办理完毕的文件中具有保存价值的部分；
最后是系统性批判，档案是把分散状态的文件按一定逻辑规律整理而成的信息单元。因此，文件是档案的前身，档案是文件的归宿；文件是档案的基础，档案是文件的精华；文件是档案的素材，档案是文件的组合。
3、档案的形式多种多样。档案的形式包括载体、制作手段、表现方式等。从载体来看，有甲骨、金石、缣帛、简册、纸质、胶磁等；从制作手段来看，有刀刻、笔写、印刷、复制、摄影、录音、摄像等；从表现方式来看，有文字、图表、声像等。
4、档案的本质属性。档案具有历史再现性、知识性、信息性、政治性、文化性、社会性、教育性、价值性等特点，其中历史再现性为其本质属性，其他特点为其一般属性。因此，可将档案的定义简要地表述为：档案是再现历史真实面貌的原始文献。
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