十余年来，学校秉持“以人为本，特色办学，全面育人”的办学理念，曾出台免费生政策，总结并推广“五个坚持”办学经验,即坚持高等职业教育、坚持教育理念与教育实践创新、坚持以质量和特色取胜、坚持以就业为导向办学、坚持党对学校思想政治工作的核心领导等；实施教书育人、管理育人、服务育人、环境育人等“四育人”，涌现出一批批优秀学子：“2003年感动厦门十大人物”林婕；“爱心大使”福建省捐献骨髓造血干细胞第一人张良健；2004年福建省IBM 电子商务软件设计大赛冠军钟小坚；2005年亚洲小姐总冠军王磊；2006年福建省第十届高职院校学生技能大赛专业计算机组第一名刘强、田翠；世界小姐上海赛区冠军、厦门市旅游形象大使吴捷；海峡两岸大学生职业技能大赛电子商务软件设计一等奖获得者余凯、卢孔锦、赵建志；导游之星大赛一等奖获得者秦雪丽；首届全国高职高专英语写作大赛（福建赛区）公外组一等奖获得者高慧。
学校以先进的教育理念和教学手段，培育出数个省级教学名师、省级精品课程、海西特色专业和教学改革项目，多年来为厦门和海西经济建设输送了近两万余名高素质、技能型人才，先后被教育部中央教科所等单位评为“人民满意民办大学”、“中国十大优秀民办大学”、“中国民办高校教育教学质量二十强”、“中国十佳诚信民办高校”，被教育部全国高校学生就业指导中心评为“全国学生就业实力十强民办高校”,并获厦门“平安先行校”、“绿色校园”、“先进基层党组织”、“职业技能鉴定工作先进集体”、“福建省语言文字规范化示范校”等荣誉，在2011年福建省大中专毕业生就业工作检查评估中厦门南洋职业学院还荣获高职毕业生就业工作评估第一名，并被厦门市政府列为重点支持升办本科院校。
