1、目的不同
刷机主要是为解决老版本软件中的BUG推出的补丁程序，一般是解决反应速度慢、音量小、短信模版、死机、显示亮度等等；还有些是为了增强原机型的功能，比如增加数码变焦、像框种类、图象的编辑能力等等，在不改变手机硬件的情况下提升其功能。
恢复出厂设置主要是为了指的是把手机里的通讯录、短信、自己安装的软件等都删除，把手机恢复到刚买到时的状态。
2、方式不同
刷机就是给手机重装系统，可以是刷入官方的系统，也可以是刷入经过修改过的系统。而恢复出厂设置直接在手机设置页面即可操作实现。
3、删除范围不同
刷机不仅将所有的设置，所有的用户数据，所有的第三方软件全部删除掉，就连系统本身也被删，然后换上新的手机系统，就像给电脑重装系统一样。
恢复出厂设置是恢复到手机出厂时的界面，如开始界面、待机方式、操作快捷键、定时提醒等功能恢复但不会删除存储的数据。
参考资料来源：百度百科-刷机
参考资料来源：百度百科-出厂设置
