第一个问题：
1、商业企业：辅导期当月认证且经税务局稽核比对相符后，可以在下月抵扣。过了辅导期后，就可以当月认证相符后，在当月抵扣。
2、工业企业：因为没有辅导期，所以都是当月认证当月抵扣。
3、90天有效期是指，从发票上开具的日期算起的90天内，过期就不能抵扣了，但可以视为普通发票入账。
第二个问题：
6月份的进项是不能抵扣5月份的销项，它只能抵扣6月份以后新发生的销项税。如你企业5月份之前认证相符的进项税不够抵扣5月份的发生销项的，只能缴纳相应的增值税，而不会因为6月份又有进项了就退回给你税款的。
