不太了解你所说的跨学科是什么样的项目，一般所谓的engineer science只是个别学校里面的一类专业或者是一种本科的荣誉学位，而与计算机相关的硕士学位只有computer engineering 和computer science，而且两者都有MSc和MEng学位（MSc偏academic而MEng偏Professional）。若确实是上面提到的double degree，注意多选择CS方面的经典课程就和CS学生不会有太大差距。如果提供具体的学校和项目也许能让我进一步提供建议。先就几个要点谈谈我的想法：
1. Computer Engineering v.s.Computer Science
前者偏向计算机硬件，经典的课程包括计算机体系结构、集成电路设计等等，当然一般也涵盖CS中基本的软件内容；而CS则偏软，注重数学，经典的课程包括算法数据结构、操作系统、编译等等。如果希望从业软件开发，后者是最好的选择；
2.MSc(Master of Science) v.s. MEng (Master of Engeering)
前者一般是偏Academic的学位，有一定的理论性和学术性，如果有继续读phd的打算则应选择MSc，后者则是纯粹的职业培训，一般时间只有一年。推荐应该读一个MSc学位，一则听起来没那么水，二则时间比较长（一般1.5~2年），有机会找实习，而实习则是毕业后能够找到工作的关键因素。
3. 工作
不论你读的是Computer Engineering 还是CS，也不论是不是跨学科的double degree，在美国找软件开发的工作都是有可能的。需要注意的是(1)平时应该注意加强自身的编程水平，这是王道。。。(2)计算机的核心课程该学的一定要学，跨专业学也得学，比如操作系统，软件工程等，而且一定要学好，美国找工作绝对不是一个好的文凭就够了，绝大多数都是要经过高强度的面试筛选，留下真正有实力的人；(3)硕士期间要尽量找到好的实习，这对毕业后找到好工作至关重要，一般三四月份有较集中的一次投简历、校园面试的机会，尽量要找到好的暑期实习，没有任何实习经历的人是很难找到好工作的。
4. 申请
不知道你是不是已经确定了去哪个硕士项目，就简要说一说。美国的计算机硕士相对phd而言是容易被录取的，当然了，应该做好全部自费的打算（两年50wRMB左右）。挑选的时候就冲着top20的学校选就行了，gpa不太差，gt没有硬伤就很有希望，paper科研什么的都不是太重要。一个需要注重的是学校的地理位置，对你能够找到好的实习、工作至关重要，现在美国IT繁荣的地区重要集中在加州、纽约波士顿那块、北卡地区等，选择学校时尽量往这些地区倾斜。
有什么问题欢迎继续补充哈！
