影响肯定会有的。因为在最后一年，专业硕士会在实习完半年以后进行毕业论文（毕业论文主要是新技术应用方面），学术型硕士最后一年，是先搞了半年科学研究，然后看是写毕业论文（毕业论文主要是创新技术研发）。这样就能看出学术型至少有半年的研究优势，以及论文优势。这些优势必然会使学术型在考博时知识面以及面试时问及毕业论文时占上风。
其实学术性的还有一个最大优势，就是学术型的可以直博，也就是导师推荐。他们可以通过自己的导师使他们不用参见全国统考就直接上博。
我个人的意思是：考研导师占45%，学校占35%，专业占20%（对于跨专业的来说，否则就不应该有”专业“这一项）。你可以根据情况给你的志愿评分。
当然这是在你没有什么特别喜好的情况下，如果你特别喜欢某个专业的话，那么专业自然是最重要的！
