《财政部、国家税务总局关于非营利组织免税资格认定管理有关问题的通知》(财税〔2009〕123号)规定，经有权部门批准设立或登记的非营利组织，符合一定条件的，可以向税务机关提出免税资格认定。经认定后，对于其取得的符合《财政部、国家税务总局关于非营利组织企业所得税免税收入问题的通知》(财税〔2009〕122号)规定的符合免税收入范围的收入，免于征收企业所得税。对于未经过免税资格认定的，其取得的全部收入，或虽经过免税资格认定，但其取得的收入不符合免税收入条件的，均应计征企业所得税。
二、非营利性医疗机构的税收政策
根据财政部、国家税务总局《关于医疗、卫生机构有关税收政策的通知》(财税<2OOO>42号)，对营利性医疗机构有关政策是：该机构取得的收入应按规定征收各种税收。为了支持营利性医疗机构自身的发展，对营利性医疗机构取得的收入，直接用于改善医疗卫生条件的，可自取得执业登记之日起，三年内给予以下优惠政策：对其取得的医疗收入免征营业税;对其自用的房产土地、车船，免征房产税、城镇土地使用税、车船使用税。
对非营利性医疗机构的政策是：
(1)按照国家规定取得的医疗收入免征各种税收，不按照国家规定价格取得的收入，不得享受这项政策。
(2)从事非医疗服务取得的收入，应按照规定征收各种税收。
(3)非营利性医疗机构将取得的医疗服务收入，直接用于改善医疗条件的部分，经税务部门批准，可抵扣其应纳税所得额，就其余额征收企业所得税;
(4)对非营利性医疗机构自用的房产、土地、车船免征房产税、城镇土地使用税、车船使用税。
三、营利性医疗机构与非营利性医疗机构的区别
1、经营目标不同营利性医疗机构运行的目标是追求利润最大化;非营利性医疗机构运行目标是为特定社会目标，不以赚钱为目的。
2、分配方式不同营利性医疗机构盈利后，投资者对税后利润可以分红，非营利性医疗机构不以赚钱为目的，但为了扩大医疗规模，也可适当盈利，但这种盈利只能用于自身发展，不能分红。
3、处置财产方式不同营利性医疗机构经营不善而终止服务，投资者个人可以自行处置其剩余财产;而非营利性医疗机构终止服务后，其剩余财产只能由社会管理部门或其他非营利性医疗机构处置。
4、收支结余的用途不同营利性医疗机构的收支结余是用于投资者回报。非营利性医疗机构的收支、结余不能用于投资者回报，也不能为其职工变相分配，所有利润和盈余只能投入到机构的再发展中，用于购买设备，引进技术，开展新的服务项目或向公民提供低成本的医疗卫生服务。
5、是否享受财产补贴政府办的县及县以上非营利性医疗机构，以定向补助为主，由同级财政安排。营利性医疗机构没有任何财政补助。
6、价格标准不同营利性医疗机构提供的医疗服务实行市场调节价，医疗机构根据实际服务成本或市场供求情况自主制订价格，非营利性医疗机构提供的医疗服务实行政府指导价，医疗机构按照主管部门制订的基准价，并在其浮动范围内，确定其本单位实际医疗服务价格。
非营利性医疗机构所得税的缴纳问题，小编已经介绍。只要有收入的单位或个人都应该缴纳所得税，但考虑到一些行业的特殊性，一些非营利服务为主的单位，所得税也相对降低或减免一些，这也是对非营利性医疗机构的鼓励和支持，鼓励其继续为社会提供优质服务。
