潜入式种植和非潜入式种植的另一个重要区别是种植体的植入深度不同。潜入式种植，种植体顶部低于或平齐于牙槽峭平面；而非潜入式种植，种植体顶部和领口往往位于骨平面之上。
一、潜入式种植
潜入式种植，种植体在愈合期完全埋置于软组织内，与口腔环境相隔离，需要两次手术来完成种植体的植入和安装愈合基台。I期手术(stage I surgery)将种植体和覆盖螺丝植入牙槽骨内，严密关闭软组织创口。种植体愈合后再进行II期手术(stageIIsurgery)，安装愈合基台以替代覆盖螺丝，术后愈合基台暴露于口腔内。2-4周后进行种植修复体的制作。
潜入式种植的优点：
1.种植体愈合的内环境与口腔外环境隔离，基本上消除了细菌等微生物的侵袭，降低了潜在的感染危险。
2.种植体愈合不受咬合力的影响，可以保证愈合的初期稳定，避免微动可能导致的骨结合失败和纤维骨性固位。
3.避免了上皮细胞向骨—种植体界面生长导致的上皮化生现象。
潜入式种植的缺点:
1.需要II期手术，延长了治疗周期。
2.II期手术将软组织再次切开并从骨面剥离，造成软组织的二次创伤。
二、非潜入式种植
非潜入式种植，种植体在愈合期与口腔环境相通，只需一次手术将种植体植入牙槽骨后，将愈合基台直接暴露在口腔内，不需再进行II期手术。典型代表是Straumann软组织水平种植体。
非潜入式种植的优点：
1.种植体周围软组织和种植体周围骨组织同样有较长的愈合期，有利于愈合形成健康的软组织封闭。
2.可以与种植体植入同期进行种植体周围软组织成形，并且有相当长的种植体周围软组织引导期。
3.和潜入式种植体相比，由于非潜入式种植体一基台连接平面较高，而且只有一个连接缝(甚至在磨牙区可以将连接缝置于龈缘的冠方)，因此能形成更为有利的生物学宽度和龈缘高度。
4.不需II期手术，可以缩短治疗周期，减少就诊次数，减轻患者的心理压力。
非潜入式种植的缺点：
要求患者保持良好的口腔卫生，防止和减少在种植体愈合期愈合基台周围的菌斑聚集和由此引发的种植体周围软组织炎症。
尽管潜入式种植和非潜入式种植的优缺点各异，但到目前为止并未发现二者在远期成功率方面有显著差异。在选择种植愈合方式时，必须结合每个患者的具体情况进行个性化设计。
