员工保险费应计入应付职工薪酬科目。
《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》(国税函〔2009〕3号)第二条规定，《实施条例》第四十、四十一、四十二条所称的“工资薪金总额”，是指企业按照本通知第一条规定实际发放的工资薪金总和，不包括企业的职工福利费、职工教育经费、工会经费以及养老保险费、医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费和住房公积金。属于国有性质的企业，其工资薪金，不得超过政府有关部门给予的限定数额;超过部分，不得计入企业工资薪金总额，也不得在计算企业应纳税所得额时扣除。
《企业会计准则第9号——职工薪酬(2006)》第二条规定，职工薪酬，是指企业为获得职工提供的服务而给予各种形式的报酬以及其他相关支出。职工薪酬包括：
(一)职工工资、奖金、津贴和补贴;
(二)职工福利费;
(三)医疗保险费、养老保险费、失业保险费、工伤保险费和生育保险费等社会保险费;
(四)住房公积金;
(五)工会经费和职工教育经费;
(六)非货币性福利;
(七)因解除与职工的劳动关系给予的补偿;
(八)其他与获得职工提供的服务相关的支出。
第四条规定，企业应当在职工为其提供服务的会计期间，将应付的职工薪酬确认为负债，除因解除与职工的劳动关系给予的补偿外，应当根据职工提供服务的受益对象，分别下列情况处理：
(一)应由生产产品、提供劳务负担的职工薪酬，计入产品成本或劳务成本。
(二)应由在建工程、无形资产负担的职工薪酬，计入建造固定资产或无形资产成本。
(三)上述(一)和(二)之外的其他职工薪酬，计入当期损益。
