太平洋战争正式开战时，岩本是第一航空舰队所属的瑞鹤航空母舰战斗机队员，在攻击珍珠港时负责了舰队上空的守卫工作。在世界战争史上的第一次航母对航母的珊瑚海战役中，岩本担任护卫瑞鹤的任务，数次迎击从美国航母列克星敦和约克镇前来的战斗机群。1943年，美军正式开始反攻，战局逐渐开始对日本不利，同年11月，一大航空战队被派到了拉包尔，同时被编入第二〇一航空队。在后来数月的激烈战斗中，海军里的不少王牌驾驶员纷纷战死，而少数活下来的驾驶员包括岩本则被赋予了更加重要的指挥责任。
岩本的编队偏好使用一击则退的战法。通过活用机上的无线电和莫尔斯电码来从基地确认敌机的方向，选择恰好的位置，以优越的高度和速度来选择攻击时机。岩本的视力只有1.0，但是在九州和冲绳战役里，往往是他第一个发现敌机，当队友问他他的秘密时，他一般回答到“～凭感觉。”，外加他自己的经验和有效的利用飞机螺旋桨在太阳下的反光。 岩本被调回到了日本本土后陆续在各大航空队里担任了指挥官兼教师。1944年（昭和19年）11月，随“第二五二海军航空队”的“战斗三一六”飞行队参加了“台湾冲航空战”和“菲律宾战役”（主要率领年轻飞行员作战）后加入了同航空队的“战斗三一一”飞行队（后来被编入了“第六〇一海军航空队”）。1945年（昭和20年）3月末加入了“第二〇三海军航空队”的“战斗三〇三”飞行队，在此期间参加了几次掩护特攻队的任务。4月，当“大和”号战舰准备“天号作战”时，他在鹿屋基地的上空单枪匹马迎击了“波音”B－29“超级堡垒”轰炸机。6月，被派到了二〇三航空队的补充部队担任导师。岩本在“冲绳岛战役”里一次进行夜间侦查的时候独自对美军的登陆舰艇发起了攻击，当时冲绳当地的几位目击者曾看到一架孤零的日本飞机对着美军部队进行扫射。不过他很反对“特别攻击队”，觉得特攻队员只给予了极为短暂的训练，不少都未能命中敌舰就战死。在茂原海军基地的时候，岩本曾和西泽广义会过面，两个人聊的很投合，一位同队的队员曾经回忆到“西泽飞曹长长的很高、有一双敏锐的眼睛和粗犷的眉毛、面部整体给人一种很精悍的感觉···而和身材短小看起来很和善的岩本少尉比、感觉他哪里来的这股力量”。战争后期的日本飞机工艺以大不如以前，在一次到“中岛飞机”太田工厂领取新飞机时也曾感叹到了当时工艺水平的粗糙。岩本有时穿着由地勤人员写着带有“零战虎彻”（源自十七世纪的刀匠“长曾弥虎彻兴里”）或“天下之浪人”的救生衣。最终，他作为了训练迎撞B－29“超级堡垒”轰炸机的“天雷特别攻击队”与驻扎在岩国基地的“第二〇三海军航空队”的教官迎来了终战。
