区别如下：
磁盘清理是清除你磁盘上的长时间不用或是用不到的文件包括安装程序的备份等；可以每过二个月整理一次。不会影响磁盘的寿命。
碎片整理程序是将磁盘上的文件通过整理弄到一块（比如一个10M的文件它可能在长时间的反复使用的磁盘上分成几份存放在不同的地方），它的作用就是让这些碎片文件粘到一起，而提高磁盘的速度。（一个文件读一个地方比读很多个地方当然要快了。）可以每半年整理一次，如果太经常进行整理会损伤磁盘的寿命。
扩展资料
硬盘的保养方式：
1、读写忌断电
硬盘的转速大都是5400转和7200转，SCSI硬盘更在10000到15000转，在进行读写时，整个盘片处于高速旋转状态中，如果忽然切断电源，将使得磁头与盘片猛烈磨擦，从而导致硬盘出现坏道甚至损坏，也经常会造成数据流丢失。
关机时，一定要注意机箱面板上的硬盘指示灯是否没有闪烁，即硬盘已经完成读写操作之后才可以按照正常的程序关闭电脑。硬盘指示灯闪烁时，一定不可切断电源。如果是移动硬盘，最好要先执行硬件安全删除，成功后方可拔掉。
2、保持良好的环境
硬盘对环境的要求比较高，有时候严重集尘或是空气湿度过大，都会造成电子元件短路或是接口氧化，从而引起硬盘性能的不稳定甚至损坏。
参考资料：百度百科-硬盘
