2000年1月，浙江省人民政府发文同意建立绍兴文理学院元培学院；同年3月18日，该院成立典礼在和畅堂塔山校区举行；同年8月，该院首次面向浙江省招生。
2002年9月，该院由塔山校区迁址南山校区。
2003年，该院根据教育部印发的通知重新报批申办工作，并于2004年成为浙江省首批通过教育部确认的17所独立学院之一。
2004年6月，该院设立经济与管理系、信息工程系、人文科学系、生命科学系、外语系等5个系级机构，形成院系两级管理的架构；同年8月，绍兴文理学院与绍兴市世纪高教投资有限公司签署合作建设元培学院的协议；同年11月，该院董事会成立；同年12月，该院经绍兴市人民政府批准，正式成为独立的事业法人。
2005年1月，该院接受并通过了教育部办学条件和教学管理条件的专项检查，同年4月，工商管理等24个专业顺利通过了教育部验收备案。
2006年12月，该院信息工程系拆分为信息与电子系及工程与技术系，并增设了人事科、实验中心、公共体育部等机构。
2009年1月，该院易地新建项目启动。
2010年7月，绍兴文理学院与中国绍兴黄酒集团有限公司签署合作建设元培学院的协议；同年9月28日，镜湖校区工程正式开工建设，镜湖校区规划校园占地面积为1100多亩（含水面）、总投资达18亿元、总建筑面积55万平方米。
2011年11月30日，浙江省学位委员会组织专家对该院进行学士学位授予权资格进行评审。
2012年4月，浙江省学位委员会正式发文批准该院具有学士学位授予权；同年6月，该院工程与技术系分离出服装与艺术设计系；同年10月，镜湖校区正式开始启用，经济与管理系、人文科学系、外语系相继搬迁至该校区。
2015年7月，该院工程与技术系、信息与电子系、服装与艺术设计系、生命科学系师生由南山校区整体搬迁至镜湖校区（护理学专业除外）。
2015年11月，该院成立建筑工程系，下设土木工程、工程管理、园林、环境科学等四个专业；原工程与技术系更名为机械与电子系，自动化专业并入该系；原经济与管理系更名为经济管理系，法学专业并入该系；原生命科学系更名为医药与健康系；原人文科学系更名为人文系；原外语系更名为外国语系；原信息与电子系更名为信息工程系。
2015年12月，该院实行书院制管理，成立吾育、吾展书院。
