驾驶证C1和E照在不同一个城市申领的不能合并在一起的，因为根据《机动车驾驶证申领和使用规定》的第二章 机动车驾驶证申请的第二节申请第十八条申领机动车驾驶证的人，按照下列规定向车辆管理所提出申请
（一）在户籍所在地居住的，应当在户籍所在地提出申请
（二）在户籍所在地以外居住的，可以在居住地提出申请；
（三）现役军人（含武警），应当在居住地提出申请；
（四）境外人员，应当在居留地或者居住地提出申请；
（五）申请增加准驾车型的，应当在所持机动车驾驶证核发地提出申请；
你合并驾驶证的情况不在第五条范围内，所以不能合并驾驶证了。
