尽管超个人心理学的研究成果及其对社会生活的影响与日俱增，但它不像行为主义和人本心理学，一旦形成很快就对主流心理学产生冲击，并作为一种新范式为心理学界所接受。超个人心理学从诞生至今30年了，从一种学术的发展而言，时间也许不算长，但作为一种新思潮，其冲击力和被接受的程度毕竟不够理想。这可能有多方面的原因，其中的一个原因就是人们对超个人心理学还存有一些误解。澄清这些误解对我们了解究竟什么是超个人心理学是有帮助的。不仅了解它是什么，而且清楚它不是什么，这样才能获得一种正确的认识。根据Rowan（1993）[5]（P10-13）、李安德（1994）[6]（P175-186）和Scotton（1996）[7]（P3-8）等人的观点，要了解什么是超个人心理学，还需要做如下的澄清：
超个人心理学不是超心理学
将超个人心理学等同于超心理学（parapsychology），是一种最常遇到的误解。产生这种误解的人士大多从未听说过超个人心理学，对这种心理学一无所知，所以才望文生义。超心理学研究超感知觉等特异心理功能，它充其量只是超个人心理学的一个不重要的研究领域，根据Boucouvalas（1980）[8]对超个人刊物和超个人心理学家的调查，许多超个人心理学家根本不承认超心理现象是其研究对象。Rowan在《超个人不是什么》一节中第一条就指出“超个人不是超人（extrapersonal）”，他所说的“超人”，就是指那些具有超心理能力的人，他列出一个表用来比较二者之间的差异，并认为基本的差异在于：超个人经验中具有某种神圣的东西，而超人的经验，基本上不具备神圣性[5]（p10）。当然，不是说超个人心理学与超心理学完全没有联系，而是说它们是两种不同的领域，在某种维度上它们的研究对象之间可能会有联系，有名的Charles Tart在这两个领域都有建树。
超个人心理学不仅仅是心理学的一个分支
超个人心理学是一种心理学研究的新范式，它首先关切的是作为整体的心理学，它将一种新的世界观和方法论带进具体的研究之中。这种取向的研究可以深入到心理学的许多分支中去，除意识研究、人格和心理治疗等受影响最大的领域外，其他如教育、管理、社会等领域的心理学研究也不同程度地受到影响，超个人思潮已经渗透到心理学的很多领域。所以不能将超个人心理学仅仅视为心理学的一个分支。
超个人心理学不是一种哲学
超个人心理学家的专业背景是心理学的，不是哲学的，他们使用的仍然是通用的心理学方法，如观察、测验、实验、访谈、问卷调查等等，并用统计工具处理所得数据。他们是从心理学的角度来探讨人的经验和行为，也是在心理学刊物上发表研究报告。即使超个人心理学与哲学有较密切的关系，也不是它所特有的，因为任何心理学派别或理论都有自己的哲学假定。这已经是一个无须再加以论证的命题。只是有的学派的心理学家（如行为主义者）有意识地拒绝哲学，而有的学派的心理学家（如存在主义心理学家）则明确宣称自己的哲学立场。超个人心理学对哲学不采取回避或拒斥态度，而是特别注重吸收自古以来各种哲学关于人及其精神生活的理论解释与经验总结，Aldous Huxley称以生命与存在的本源这种终极问题为研究对象的哲学为“长青哲学”（Perennial Philosophy）。超个人心理学就是要将长青哲学与科学心理学在生命与精神的契合点上加以整合。
超个人心理学不是宗教
将超个人心理学视为宗教，是对超个人心理学最严重的误解。由于“超越性”、“精神”这些超个人心理学的研究主题通常也是宗教主题，所以会产生这样的误解。但超个人心理学所研究的超越性经验或精神领域，远比宗教经验广泛，例如各种审美经验、科学家追求真理的入迷和惊喜，甚至日常生活中对弱小生命的关爱，都属于超越性或精神性的，当然也包括宗教经验，所以宗教经验只是各种超个人经验的一种。宗教经验属于超个人经验，但并非所有超个人经验都属于宗教经验。这里问题的实质是，研究宗教的学科本身不是宗教，更不能将宗教哲学、宗教社会学、宗教人类学、宗教心理学视为宗教。宗教与宗教研究的根本区别在于，宗教研究不提供特定的教义和宗教价值系统以及相应的仪式，也没有带宗教色彩的组织（如教会）。其中宗教心理学是从心理学诞生之初就有的，著名的有冯特的《民族心理学》（1900—1920）中的有关章节、詹姆斯的《宗教经验种种》（1902）、霍尔（G.S.Hall，1844-1924，美国心理学会第一任主席）的《从心理学的观点看耶稣基督》（1917）等。霍尔还于1904年创办了《美国宗教心理学与教育杂志》。弗洛伊德是著名的反宗教的心理学家，他将宗教看成集体神经症的表现，但他一生写了三本宗教心理学名著，即《图腾与禁忌》（1913）、《一个幻觉的未来》（1927）和《摩西与一神教》（1939）。至于后来的心理学家，如荣格、弗罗姆、埃里克森、马斯洛等人的宗教心理学著作，以及有关宗教心理学的质的研究与量的研究的报告更是不胜枚举。仅以英文出版的宗教心理学杂志就至少有9种，美国心理学会第36分会就是“研究宗教问题的心理学分会”。因此，宗教心理学研究本来就是心理学的一个分支，不是超个人心理学运动兴起的结果。
但超个人心理学家研究宗教与其他心理学家研究宗教确有不同。超个人心理学家试图将各种宗教传统的有关精神成长的理论、经验和灵修技术（如瑜珈、禅修等）整合到心理学中，特别是心理治疗的理论与实践中。同时关注与宗教有关的心理病理学问题，研究因宗教的消极作用而导致的有害心理健康和人性成长的预防措施和治疗途径。
超个人心理学不只研究高级的精神活动
超个人心理学可能被人们误解为只研究最高级的精神现象，忽视了较低层次的心理现象。事实上，超个人心理学并不否定较低层次的心理活动，反而强调超越的精神层面要以较低的层面为基础。它的立场是，所有的层次，身体、情绪、心智及精神，都应予以尊重、发展和整合。一方面，较低层次的健康发展是进入超越层次的基础；另一方面，超个人的取向又为较低层次的发展指明了方向，并注入了精神性的因素。如果只着眼于最高的层次，势必造成对低层次的压抑，而压抑低层次的心理生活，也不会有健康的精神生活。超个人心理学将越过或回避较低层次的问题，而直接进入超个人领域也视为一种防御机制，因而是一种病理现象。这是超个人治疗家要特别警惕的问题。所以超个人治疗家不只着眼于精神的层次，而是要着眼于所有的层次。
