巴厘岛地处赤道附近，是典型的热带雨林气候，全年平均温度为28℃，分为干季和雨季。每年的4月到10月为干季，雨量相对较少。特别是6月-9月，很少下雨，夜晚凉爽，是最佳旅游时间；从12月到3月是雨季，几乎每天都有大雨，但多为阵雨，白天大部分时间天气晴朗，对游玩影响不大。但空气潮湿，感觉不太舒适。
每年的7、8月以及9月初有大量的欧洲人到巴厘岛来度假，这一段时间是人多的旺季，当地宾馆的价格较高且常常客满。圣诞节前后来自澳洲和印尼其他地方的游人较多，是另外一个旺季。在巴厘岛腹地的乌布和山区，常年天气多云多雨，气温比海边略低。在海拔相对高的地区如京那马尼，日落后需要穿毛衣和夹克。
