国家出入境检验检疫局是国务院的一个下属部门。1998初，根据九届全国人大一次会议通过的国务院机构改革方案，由原国家进出口商品检验局、原卫生部卫生检疫局和原农业部动植物检疫局共同组建国家出入境检验检疫局，归口国家海关总署领导，这标志着我国出入境检验检疫事业进入了一个新的发展时期。按照国务院批准的国家出入境检验检疫局“三定”方案规定，国家出入境检验检疫局是主管出入境卫生检疫、动植物检疫和商品检验的行政执法机构。其主要职责是：
（1）研究拟定有关出入境卫生检疫、动植物检疫及进出口商品检验法律、法规和政策规定的实施细则、办法及工作规程，督促出入境检验检疫机构贯彻执行。
（2）组织实施出入境检验检疫、鉴定和监督管理；负责国家实行进出口许可制度的民用商品出入境验证管理；组织进出口商品检验检疫的前期监督和后续管理。
（3）组织实施出入境卫生检疫、传染病监测和卫生监督；组织实施出入境动植物检疫和监督管理；负责进出口食品卫生、质量的检验、监督和管理工作。
（4）组织实施进出口商品法定检验；组织管理进出口商品鉴定和外商投资财产鉴定；审查批准法定检验商品的免验和组织办理复验。
（5）组织对进出口食品及其生产单位的卫生注册登记及对外注册管理；管理出入境检验检疫标志、进口安全质量许可、出口质量许可并负责监督检查；管理和组织实施与进出口有关的质量认证认可工作。
（6）负责涉外检验检疫和鉴定机构（含中外全资、合作的检验、鉴定机构）的审核认可并依法进行监督。
（7）负责商品普惠制原产地证和一般原产地证的签证管理。
（8）负责管理出入境检验检疫业务的统计工作和国外疫情的收集、分析、整理，提供信息指导和咨询服务。
（9）拟定出入境检验检疫科技发展规划；组织有关科研和技术引进工作；收集和提供检验检疫技术情报。
（10）垂直管理出入境检验检疫机构。
（11）开展有关国际合作与技术交流，按照规定承担技术性贸易壁垒和检疫协议的实施工作，执行有关协议。
（12）承办国务院及海关总署交办的其他事项。
