两者是不一样的，具体区别如下：
1、可开通业务不同
（1）网上开户不能开通创业；
（2）在柜台可以开通创业板。
2、开通流程不同
（1）网上开户需要进行身份验证、安装数字证书、股东账户资金账户开设、回访以及投资者教育；
（2）在柜台开户则需要出示《交易结算资金银行存管协议书》，办理资金的第三方存管。
不过就算是在网上开户，其实最后都是需要去银行卡所在的银行办理相关手续的。
扩展资料
在网上开户方式下，证券公司应要求客户通过网上开户系统选择开户营业网点。如客户有效身份证明文件证件地址及客户进行身份验证时提供的银行卡所属地与拟开户营业部均不在同一监管辖区；
客户应通过传真、送达、邮寄等方式提供暂住证或其他相关地址证明材料(如三个月以内成功寄送至现地址的水、电、煤气、固定电话、移动电话的收费单据或银行账单等)，对无法提供的，证券公司不得为客户办理网上开户业务 。
《指引》还要求，证券公司对客户提供证明材料存疑的，可通过技术等辅助手段予以进一步核实，如核实客户手机号码或IP地址归属地与拟开户营业部所属监管辖区是否一致等。
参考资料来源：百度百科-网上开户
