佐佳咨询认为集团组织架构设计在实践中应当注意一下几个方面的问题：
1、集团管控模式与组织架构
集团总部对分子公司管控的模式不同，集分权要求不同，会对组织架构的设计提出不同要求。一般来说集团战略属于专业化运作，集团公司总部要求集权化程度高，管控模式需要集团集成更多运作与管控资源，则更加倾向于专业化架构（如总分架构）。在现实中的集团总部部门设计中往往把子公司运营的部分职能由总部操作（如集团总部成立研发中心、采购中心等）；如果集团总部采取分权模式，例如仅仅关注投资收益，则总部部门设置主要以战略投资等职能管理部门为主（典型的控股型总部设计），总部下设事业部或子公司。在现实操作中则往往根据不同产业的管控要求设计混合型的组织架构，如总分与母子、事业部并存的方式。
2、集团组织架构层次设计
与单体公司不同的是集团组织架构带有明显的层次化特征。而随着集团组织层次（尤其是治理层次）的增加集团的控制力将会同步减弱，因此集团组织架构设计必须考虑组织层次设计。同时集团组织架构层次设计和治理层次设计必须同步研究，全球集团组织架构的最佳实践经验是组织架构与治理层次最佳控制在4层以内。
中国乃至全球因为组织架构层次设计过长而导致集团控制力缺失而惨败的教训有很多：一些企业集团大规模盲目的投资，投资决策权限失去控制，最终导致集团组织架构层次过长，集团总部对子公司、孙公司、曾孙公司根本没有有效的控制。例如德隆集团就是最为典型的案例。
3、集团管控流程与组织架构
集团组织架构设计中我们应当注意管控流程对组织架构设计的影响，在实战中我们甚至可以根据寻找管控流程的主导部门来设计组织架构。例如某集团公司根据管控一级流程设计集团总部的职能部门如下：
战略管控流程——集团战略运营中心（内设战略管理办公室）
投资管理流程——集团战略运营中心（内设投资管理部）
品牌管控流程——集团品牌管理中心
信息化管控流程——集团信息中心
战略物资采购管理流程——集团战略物资采购中心
集团人力资源管控流程——集团人力资源及组织发展中心
行政后勤管理流程——集团总裁办
党政工团等管理流程——集团党群工作部
集团财务管控流程——集团财务管理中心
集团企业文化管控流程——集团总裁办
分销业务——分销事业部（含4个子公司）
零售业务——零售事业部（含5个子公司）
物流业务——物流事业部（含4个分公司）
工业业务——工业事业部（含10个子公司）
在完成管控流程主导部门设计后可以初步绘制出《集团组织架构图》
