阴阳学说贯穿于中医理论体系的各个方面，用以说明人体的组织结构、生理功能、病理变化，并有效指导着临床诊断、治疗、护理、预防和养生。
(一)说明人体的组织结构
人体是一个有机整体，根据部位和功能活动特性可分为阴阳两部分。就人体部位来说，上为阳，下为阴;背部为阳，腹部为阴;体表为阳，体内为阴。按照脏腑功能特点划分，心、肝、脾、肺、肾五脏为阴;胆、胃、小肠、大肠、膀胱、三焦六腑为阳：五脏之中，又各有阴阳所属，即心、肺居于上部(胸腔)属阳;肝、肾位于下部(腹腔)属阴;脾为至阴。若具体到每一脏腑，则又有阴阳之分，如心有心阴、心阳;肾有肾阴、肾阳。总之，人体组织结构的上下、内外、表里、前后各部分之间，以及内脏之间，无不包含着阴阳的对立统一。所以，《素问·宝命全形论》说：“人生有形，不离阴阳。”
(二)说明人体的生理功能
人体正常的生理活动，是阴阳两方面保持着对立统一的协调关系，使之处于动态平衡状态的结果。从阴阳角度来看，功能属阳，物质属阴，即组织结构和精、气、血、津液等物质属阴，脏腑组织器官和精、气、血、津液的生理功能属阳。物质是功能的基础，功能是物质的反映，两者之间不仅互相对立，而且互相依存。各种功能活动(阳)的产生，必然要消耗一定的营养物质(阴);而各种营养物质(阴)的新陈代谢，又必定要消耗一定的能量(阳)。正常情况下，这种阴阳消长处手一种动态平衡之中，保证了脏腑功能的健全和正常的生理活动。如果阴阳不能保持相对的动态平衡而失调，乃至分离，人体就会生病以至死亡。所以说：“阴平阳秘，精神乃治;阴阳离绝，精气乃绝”(《素问·生气通天论》)。
(三)说明人体的病理变化
人体所有疾病的发生均可用阴阳失调来概括说明。一切疾病的发生、发展决定于正气和邪气两个方面。正气分阴阳，包括阴精和阳气两部分;邪气(致病因素)也有阴邪和阳邪之分。疾病发生、发展的过程，就是邪正斗争的过程，无论其病理变化如何复杂，都不外乎阴阳的偏胜或偏衰。阴或阳任何一方高于正常水平，必然导致另一方的相对不足而发病，即“阳胜则阴病”、“阴胜则阳病”、“阳胜则热”、“阴胜则寒”。反之，阴或阳任何一方的不足，必然导致另一方的相对亢盛而发病，即“阳虚则寒”、“阴虚则热”。此外，由于阴阳互根互用，当阳虚至一定程度时，因阳虚不能生化阴液而同时出现阴虚的现象，称“阳损及阴”;阴虚至一定程度时，因阴虚不能化生阳气而同时出现阳虚的现象，称“阴损及阳”。阳损及阴或阴损及阳最终可导致“阴阳两虚”。因阴阳失调而出现的病理现象，在一定的条件下，可向各自相反的方向转化，即阴证可以转化为阳证，阳证可以转化为阴证，所谓“重寒则热，重热则寒”，“重阴必阳，重阳必阴”(《素问·阴阳应象大论》)。
(四)用于疾病的诊断
任何疾病，尽管临床表现错综复杂，千变万化;病理变化复杂多端，究其基本机制是阴阳失调。用阴阳来概括疾病的病变部位、性质及各种证候的基本属性，作为辨证的纲领。故《素问·阴阳应象大论》说：“善诊者，察色按脉，先别阴阳”。
临床上常用的八纲辨证，是各种辨证的纲领，阴阳又是八纲的总纲，以统领表里、寒热、虚实，即表证、热证、实证属阳;里证、寒证、虚证属阴。正确的诊断，首先要分清阴阳，才能抓住疾病的本质，做到执简驭繁。
(五)用于疾病的防治
疾病发生、发展、变化的基本机制是阴阳失调，调整阴阳是中医学治疗、护理疾病的基本原则，也是阴阳学说用于疾病防治、护理的主要内容。调理阴阳，就是损其有余，补其不足，使阴阳重新恢复相对平衡状态。针对疾病阴阳偏胜、偏衰的状况，采取“实则泻之”、“虚则补之”的方法，达到“阴平阳秘”，使阴阳和调，恢复平衡。
阴阳学说也可用来概括中药的性能。药物的性能包括四气、五味、升降浮沉，都可以用阴阳来归纳说明。药物有寒、热、温、凉四气，寒凉药属阴，温热药属阳;药物有辛、甘、酸、苦、咸五味，辛、甘属阳，酸、苦、咸属阴。药物有升、降、浮、沉四种作用趋向，升、浮药属阳，沉、降药属阴。在临床治疗、护理中，根据疾病阴阳盛衰的情况，结合药物的阴阳属性，调整阴阳，恢复阴阳平衡，从而达到治愈疾病的目的。
阴阳学说还可用于指导疾病的预防。善于调理阴阳是防病摄生的关键，养护正气的法则要求人体内部的阴阳变化与天地自然之间的阴阳变化协调。人与自然息息相通，大自然的阴阳消长及转化也必然影响人体阴阳变化，善于保养阴精阳气，则邪气不侵，中医学认为“正气存内，邪不可干”，“邪之所凑，其气必虚”。人以正气为本。
