首先，你提问的不够详细，是不是有关三方协议的违约金？若不是，而属于劳动合同，你无需支付违约金，若是三方协议，也可进一步协商处理，不一定要支付违约金。
其次，若你们已经协商完毕，你个人也愿意支付违约金，那另当别论，针对你的问题，即有关付款方式及如何保存付款证明的问题，回答如下：
1、原单位提供银行账号和账户，若非单位对公账户，而是个人账号，应当要求单位加盖公章确认收款账户，否则，你付过去可能不是作为支付违约金，对方可抗辩没有收到，而实际收款人与你又无直接联系，你很难证明他代表公司收款；
2、若无法取得该公章的付款指示说明，建议取现金当面交接，并要求其开具收款收据或收条（应加盖公司公章或财务章）；
3、若上述两样你都觉得麻烦，那就直接去银行办理汇款，填写进账单，并保存好汇款回单和进账单存根，不推荐ATM转账或网银转账，除非你愿意再去银行打印流水单；
4、转完款以后，打个电话告知查收即可；
5、强烈建议与单位签署终止协议的确认书，就有关违约金支付、手续办理等等进行约定，否则，无凭无据。
祝你顺利。
问题补充：
我是自愿违约并同意交违约金，就是想问问应该怎么去交这个违约金，肯定不能去原单位自己交钱。还有汇完款后怎么能让原单位知道那个钱是我交的
你可详细再看一遍上述回答，建议直接去单位交并取得收条，签署终止协议书。
