医院信息系统所包含的内容纷繁复杂，依其在一个医院的实现先后，大体可以分为以下三个阶段：
1．管理信息系统
管理信息系统一般包括：
门、急诊挂号子系统
门、急诊病人管理及计价收费子系统
住院病人管理子系统
药库、药房管理子系统
病案管理子系统
医疗统计子系统
人事、工资管理子系统
财务管理与医院经济核算子系统
医院后勤物资供应子系统
固定资产、医疗设备管理子系统
院长办公综合查询与辅助决策支持系统
2．临床医疗信息系统
临床医疗信息系统可能包括的内容很多，甚至可能是专科、专病、专课题的信息处理系统，下面给出一些常见系统的例子：
住院病人医嘱处理子系统
护理信息系统
门诊医生工作站系统
临床实验室检查报告子系统
医学影像诊断报告处理系统
放射科信息管理系统
手术室管理子系统
功能检查科室信息管理子系统
病理卡片管理及病理科信息系统
血库管理子系统
营养与膳食计划管理子系统
临床用药咨询与控制子系统
3．医院信息系统的高级应用
医学图象实时传输与查询、归档系统
（PictureArchivingandCommunicationSystem,PACS）
病人床边信息系统
计算机化的病人病案系统（CPR）
科研支持系统
教学支持系统
Internet医学情报系统
远程诊断与教学
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