区别很大，东莞农业银行是中国农业银行东莞分行，而东莞农村商业银行是在东莞市农村信用合作联社基础上整体改制设立的地方农村商业银行。
1.中国农业银行（Agricultural Bank of China，简称ABC，农行）是中国大型上市银行，中国五大银行之一。最初成立于1951年(辛卯年)，是新中国成立的第一家国有商业银行，也是中国金融体系的重要组成部分，总行设在北京。数年来，中国农行一直位居世界五百强企业之列，在“全球银行1000强”中排名前7位，穆迪信用评级为A1。2009年，中国农行由国有独资商业银行整体改制为现代化股份制商业银行，并在2010年完成“A+H”两地上市，总市值位列全球上市银行第五位。
2.东莞农村商业银行是在东莞市农村信用合作联社（以下简称东莞农信社）基础上整体改制设立。改制后，原东莞农信社的全部资产、负债、机构和人员依法由设立后的东莞农村商业银行承继，其经营管理模式将按照现代股份制商业银行的标准运作。东莞农村商业银行注册资本43.13亿元，设135个支行、390个分理处。
