由于小智的皮卡丘不肯服从小智,小智惟有靠自己捉神奇宝贝,连续捉2只失败,就在小智以掷石作攻击命中目标时,惊觉那不是波波,而是烈雀。小智及皮卡丘遭受袭击,慌忙逃走。
其间一个女子在钓鱼期间拯救了他们,小智按她的指示,向常槃市冲去,但被烈雀群追上,此时皮卡丘已受重伤,为了救它,小智不惜牺牲自己,抵挡烈雀群。皮卡丘眼见小智舍身相救,终于明白小智对它的爱护及好意,就在烈雀群即将击中小智的千钧一发之际,它冲到小智面前,并使出强烈的“电击”颤颂咐绝招!终于成功把烈雀群赶走了,小智和皮卡丘亦终于成为好友
此时小智及皮卡丘遇见了一只神秘的神奇宝贝(大木博士也不敢相信小智遇上它),是后来小智估计的凤王(由于当时金银版还未推出,其名字最初是透过漫画版的资料公布的)。之后小智和拯救他及皮卡丘的女子──小霞结伴同行,其后认识小刚,尼比市道馆赛后小刚加入成为新的同伴。
小智在石英联盟由初赛出线至淘汰赛,于16强止步。回到真新镇后,小智为了替大木博士拿GS球而前往橘子群岛,在一时兴起下决定挑战橘子联盟,到最后夺得胜利者杯。在从橘子群岛回来后,与一直以来视为劲敌的小茂首度交锋,双方派出自己最自豪的神奇宝贝,皮卡丘对抗伊布,一番苦战后小智战败,对小茂誓樱纳言下次绝不会再输,也决定要挑战城都联盟,往城都地方茄纯出发。
而在城都联盟白银大会决胜锦标赛的第一回战中再度与小茂对碰,6对6的全面对战,双方都以最强的阵容来应战,最后一战,小智的喷火龙战胜小茂最强的水箭龟,小智晋级。但是到了第二回战与来自丰缘地区的叶越交手时,叶越充满特性的神奇宝贝使小智陷入危机,小智和叶越激战后派出最后仅余仍能作战的神奇宝贝-喷火龙和火焰鸡作最终对决,最后喷火龙失去战斗能力,小智战败,。白银大会结束后小智与必须回家的小霞和小刚告别,重回真新镇的小智想着自己从未到过的丰缘地区,决定为了重新出发,于是只带着皮卡丘前往丰缘地区挑战丰缘联盟,第一部完。