农村专业合作社可以执行农业部《农民专业合作社财务会计制度(试行)》。也可以执行小企业会计准则或企业会计准则。
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《农民专业合作社财务会计制度（试行）》由财政部制定，并已于2008年1月1日起正式施行。它是依据《中华人民共共和国农民专业合作社法》和《中华人民共共和国会计法》精神，专门针对农民专业合作社这一新型市场主体制定的财务会计制度，是农民专业合作社发展进程中的一件大事。
总则
（一）为了规范农民专业合作社（以下简称合作社）会计工作，保护农民专业合作社及其成员的合法权益，根据《中华人民共和国会计法》、《中华人民共和国农民专业合作社法》及有关规定，结合合作社的实际情况，制定本制度。
（二）本制度适用于依照《中华人民共和国农民专业合作社法》设立并取得法人资格的合作社。
（三）合作社应根据本制度规定和会计业务需要，设置会计账簿，配备必要的会计人员。不具备条件的，也可以本着民主、自愿的原则，委托农村经营管理机构或代理记账机构代理记账、核算。
（四）合作社应按本制度规定，设置和使用会计科目，登记会计账簿，编制会计报表。
会计核算以人民币“元”为金额单位，“元”以下填至“分”。
（五）合作社的会计核算采用权责发生制。会计记账方法采用借贷记账法。
（六）合作社会计核算应当划分会计期间，分期结算账目。一个会计年度自公历1月1日起至12月31日止。
（七）合作社会计信息应定期、及时向本合作社成员公开，接受成员的监督。对于成员提出的问题，会计及管理人员应及时解答，确实存在错误的要立即纠正。
（八）财政部门依照《中华人民共和国会计法》规定职责，对合作社的会计工作进行管理和监督。
农村经营管理部门依照《中华人民共和国农民专业合作社法》和有关法规政策等，对合作社会计工作进行指导和监督。
（九）本制度自2008年1月1日起施行。
