《关于规范办理套取国家专项资金案件的指导意见》明确了对套取专项资金使用人罪名适用的三种情形：
一是套取国家专项资金的使用人不符合国家专项资金政策的基本条件，在申报过程中严重弄虚作假，虚构并不存在的企业或项目，伪造关键性申报材料，符合诈骗罪构成要件的，应当对使用人以诈骗罪定罪处罚。
二是套取国家专项资金使用人的申报项目符合国家专项资金政策的基本条件，但在申报过程中夸大实际情况，伪造或提供了个别非关键性虚假申报材料，套取的国家专项资金部分被用于企业弥补损失，或者用于转产、更新设备、生产经营的，对使用人一般不宜按诈骗罪定罪处罚。
三是套取国家专项资金的使用人在申报过程中向国家机关工作人员行贿、伪造国家机关公文证件印章，情节严重的，应当对使用人分别以行贿罪、伪造国家机关公文证件印章罪定罪处罚。
《意见》明确了对套取专项资金案件中相关国家机关工作人员罪名适用情形分别为：在套取国家专项资金过程中，负有直接审核职责的国家机关工作人员起主要作用，积极指使、参与、帮助资金使用人弄虚作假，并对套取的国家专项资金进行私分，非法占为己有的，无论资金使用人是否构成犯罪，均以贪污罪追究相关国家机关工作人员刑事责任；国家机关工作人员本人系资金直接使用人，符合贪污罪构成要件的，按贪污罪定罪处罚；套取国家专项资金的使用人涉嫌诈骗等犯罪，国家机关工作人员在审核资金使用人提供的材料时，明知或应当明知条件虚构，仍予以纵容、帮助，或者不认真履行职责，严重不负责任，没有审查出相关材料虚假而使国家专项资金被骗取的，应当分别以滥用职权罪、玩忽职守罪追究相关国家机关工作人员刑事责任；实施上述行为，又收受贿赂，构成受贿罪的，数罪并罚。
