1、农业经营主体“小、散、乱”问题有待突破
各类农业经营主体“小、散、乱”现象较为普遍，综合能力不强，生产主体的组织化、规模化程度偏低。由于分散生产经营，产品相对单一、总量较小，生产主体与市场衔接不足等，阻碍着品牌化建设和产业融合发展的进程。
各类主体间没有形成强有力的联合与合作，难以形成品牌效应，导致农业综合效益较低。
2、高素质的农业劳动力缺乏，难以满足现代农业开展的需求
我国农业劳动力主体的文化教育水平普遍较低，乡村受过较高教育、年富力强的乡村“精英”大多流出就业，留下从事农业消费的多为素质较为低下的妇女和老人，由于缺乏文化学问，障碍了承受新事物、学习新技术的才能，“谷贱伤农”现象频频发作。
也由于缺乏科技学问，也使一些高新技术成果难以推行和运用，难以完成消费过程机械化、消费技术科学化。低素质、低技艺农业劳动力过剩，高素质、高技艺劳动力短缺，农业向高端晋级遭遇劳动力技艺障碍。
3、农业产业化程度欠佳，难以强化现代农业开展的根底
我国总体上处于传统农业向现代农业过渡阶段，产业化进程迟缓，依然没有跳出小范围、低程度、传统粗放消费方式，农业机械化作业程度低，消费效率低下。细碎化的土地小范围运营和兼业化的养殖方式，形成专业化和规范化水平低，农产品产量低、质量次。
无法满足范围化农产品加工业对成片规划化种植和养殖基地的需求，许多加工企业要从众多分散种植的小农户手中收买农产品，大大增加了收买本钱。
4、农产质量不高，难以保证现代农业开展
我国正处于工业化和城镇化加速阶段，该阶段正是能源资源耗费、污染排放强度较大的时期，扭曲的市场机制拉开工业畸形增长。工业、城市用水急剧增加，与农业用水的矛盾越来越难以调和，由于缺乏严厉的维护和管理措施，水质性污染招致水资源质量进一步降落。
在这些要素共同影响下，我国可用水资源的供应愈加匮乏。工业污染招致不少农产品原料质量偏低，达不到加工业对农产质量量请求，还有一些农业消费者受利益差遣，滥用化肥农药，招致农产品平安问题，加工品出口和国内市场销售受影响，进而影响现代农业开展进程。
5、综合效劳体系不够健全，难以推进现代农业开展
农业社会效劳体系是为农业消费提供的产前、产中、产后全程综合配套效劳的专业组织，效劳内容触及销售、信息、科技、物资、加工、劳务、金融、运营决策、政策和法律效劳等诸多方面。我国很多地域各类行业协会与专业协作组织开展不均衡，整体范围小、效劳方式单一。
