国民党的军统的全称是，国民政府军事委员会调查处，后期发展成为军委会统计调查局、国防部保密局，因其属于军队序列，所以一般称其为军统。
而中统的全称是， 国民党中央党部统计调查处，中央党部调查委员会，国民政府统计调查局。因其始终为国民党中央组织部所掌控，故称其为中统。
在四十年代以前，中统的势力非常大，因为实际上国民党的各级基层党组织，都是中统的特务网延伸。许多基层党部的负责人，本身就是中统的基层负责人。
抗战以后，由于国民党的情报工作对象有所改变，从以对付中国共产党向对付日本侵略转变，因此中统的地位开始下降，而军统的地位不为提升。同时，由于大片国土沦陷，中统的组织系统严重破坏，而其又不能及时的联络这些基层组织。逐渐为军统所取代。加之军统头子戴笠对蒋有知遇之恩和师生之情，对蒋言听计从。而中统主要为国民党CC系的大老陈立夫、陈果夫叔侄所掌握，在人事上蒋不能直接控制，也逐渐失去了蒋的扶持。到了国民党退台后，中统实际上已经丧失了全部组织系统。而军统的组织系统到是得以保存和发展。
由于中统与军统在争夺秘密工作的主导权上，进行了长期的明争暗斗，双方的合作非常有限。国民党逃台后，蒋介石对两个特务组织进行了改组，成立了国家安全局和军事情报局。这实际上就是中统与军统的延伸。对双方的工作范围也进行了区分，明确了国安局以对内安全为主，重点是侦查岛内的中共组织。军统以对大陆为主，重点是对大陆侦察、派遣、破坏和武装袭扰。但到蒋经国后期，特别是“江南事件”以后，蒋经国开始改组台湾情报特务组织的系统与任务范围。国安局逐渐取代军事情报局，成为岛内最大的情报机关，并开始掌握对大陆的特务与情报活动的主导权。而军情局反而变成了单纯的军事情报机构了，主要负责对大陆军事系统的情报工作。
