对许多历史学家来说，亚伯拉罕·林肯的信仰始终是个难解之谜。这位卓尔不群的美国英雄人物在其成年时不是任何教会的教友，对美国基督教不同传统的各种神学观点确实一直持有怀疑态度。他曾说：“从思想上讲，我不能毫无保留地赞成冗长而复杂的教义和教理。” 然而，矛盾的是，林肯却沉醉于《圣经》（以及莎士比亚 [Shakespeare]）的文字与故事之中，并牢记母亲南茜·汉克斯·林肯 (Nancy Hanks Lincoln) 对他在基督教伦理道德方面的教诲。
林肯就任总统后之所以不让自己依附于任何教会，原因之一就是不想因自己属于某个宗派而有可能给一个已经在奴隶制问题上严重分裂的国家带来更大的分裂。不过，他还是像几位继任总统，如乔治·W. 布什那样，在举行就职典礼的当天上午参加拉法耶特广场的圣约翰圣公会教堂 (St. John's Episcopal Church, Lafayette Square) 的崇拜。 纽约大街长老会教堂 (New York Avenue Presbyterian Church) 举行每周祷告会时，林肯还喜欢趁机溜进长老会牧师菲尼亚斯·格利 (Phineas Gurley) 的书房。因为通向主堂的门开着，他可以听到人们在说些什么， 同时又不致被人看到和引起可能出现的小题大做。
林肯总是站着祷告。有一次，一位这座长老会教堂的教友问他为什么站着。他答道：“我的将军们来白宫时，见到他们的总司令走进椭圆形办公室 (Oval Office) 都要起立。那么，我向我的总司令起立致敬难道不合适吗？”
格利不仅是林肯的朋友和牧养人，他还是一位为人代祷的战士。林肯曾用比喻而非直白的方式说：“我曾多次被强烈的负罪感驱使而曲膝祷告。我的智慧似乎不够日常的需要。”
正是林肯在多方面的极度谦卑和从不张扬所持基督教信仰的意愿使其吸引几乎所有文化和时代的人们。人们常常引述他在反驳那位真心希望上帝将站在联邦一边的牧师时所说的话。林肯答道；“我不关心这一点，因为我知道主始终站在正义的一边。但是，令我始终焦虑并为之祷告的是，我和国家是否站在主的一边。
林肯总统在南北战争期间，常独自一人悄悄走进圣约翰教堂祈祷。
残酷的战争和个人的不幸遭遇，在林肯的内心和外表留下深深的烙印。每当他需要指路人时，他就会去读《旧约·约伯记》。“我们必须完全遵循上帝赐予我们的意愿认真行事，信仰这样做，将有助于实现终极的天意。这场浩劫没有一个凡人可以制造，也没有一个凡人可以遏制。”在1865年第二次就职演讲中，他的政治策略和信仰已融为一体。
就在林肯誓言除去酗酒问题的同一天，一个名叫约翰布斯(John Booth)的年轻人步进酒馆，灌下了几杯黄汤。另外一位年轻人则正好离开总统包厢的岗哨，踱步走到对街的酒馆里去饮酒。前面所提的那个年轻人就趁着这段岗哨空挡的时候，悄悄地旋开总统包厢的门。林肯还在继续对着太太说：“我们要去他诞生的伯利恒。”布斯静静地走进总统包厢。举起枪，朝着林肯的头部......
历史上最疯狂的枪声大响，子弹直直穿过林肯的头部。他立即被送到对面的街上。在此之前，他写过一封信给「纽约大道长老会」(New York Avenue Presbyterian Church)，说明他现在已经信了主，并且请求在复活节主日当众宣告他的信仰--然而，林肯却在礼拜五受难日那夜走了。 作战部长史丹顿(Edwin Stanton)看着躺下来的扭曲遗体，说道：“这里躺着世界上最完美的领袖。”
