1、本质不同：
复制原点和启动子的本质都是DNA上的碱基对，起始密码子的本质是mRNA上相邻的三个碱基。
2、作用不同：
复制原点，是DNA复制的起点，作用是带动目的基因复制。
启动子，能活化RNA聚合酶，使之与模板DNA准确的结合并具有转录起始的特异性，在启动子上有与RNA聚合酶结合的位点作用是控制基因转录的起始时间和基因表达的程度。
起始密码子作用是翻译开始的地方。
3、在遗传信息表达中起作用的时刻不同：
复制原点在DNA复制中起作用；启动子在DNA转录时起作用；起始密码子在DNA翻译中起作用。
参考资料来源：百度百科-复制原点
参考资料来源：百度百科-转录
参考资料来源：百度百科-翻译
