是分开签的。
到当地的出入境大厅办理港澳通行证。并同时申请香港签注、澳门签注各一次，有的城市办下来的签注是G签注，就是自由行签注，说明你可以直接买机票去香港和澳门了。如果你们城市只可以办理L签注，就是团队签注，你可以到深圳、珠海等口岸花钱找旅行社送关，就是给你一张纸，拿着去香港和澳门就行了。
港澳两地行程全部在7天内完成并且首先去香港，再从香港去澳门。如果你准备从澳门回香港后还要在香港再玩几天，同时两地行程超过7天，则需要两次香港签注，一次澳门签注。
如果你从澳门回香港后不在香港玩，当天就上火车回上海，按规定是要再有一次香港签注的，但实际操作中如果你持有香港出发的火车票，一般香港边检会额外给多你一天让你入境，以便你回到内地。
持三个月一次签注的，在签注签发之日起三个月内有效。持三个月两次的，在首次出境后三个月内有效。
扩展资料
证件有效期
往来港澳通行证有效期5年。2014年9月15日，全面启用电子往来港澳通行证规定，成年人电子往来港澳通行证有效期延长为10年，对未满16周岁的仍签发5年有效通行证。
签注有效期
内地居民往来港澳签注分为6个种类，即个人旅游（G）、探亲（T）、商务（S）、团队旅游（L）、其他（Q）、逗留（D）根据申请事由分类签发。其中香港G签和L签的有效期都为：3个月1次、3个月2次、1年1次、1年2次四种有效签注。
澳门签注只有3个月1次、1年1次申请。签注规定每次在香港或者澳门逗留不超过7天，一进一出算一次。
签注有效期的解释
以1年1次为例，不是表示1年内只能去1次，而是指该签注的有效期为1年，在1年以内往返过港澳后，还可以再次申请签注，申请次数没有限制。如果1年内不去，则该签注过期无效，可再次申请。
参考资料来源：百度百科（中华人民共和国往来港澳通行证）
